Может ли pymol показать мультфильм (вторичную структуру) для pdb из нескольких кадров?

Я использую pymolдля визуализации вторичной структуры белка, используя его cartoonпредставление. Файл pdbисходит из моделирования, которое содержит несколько кадров. После загрузки pdbвторичная структура (например, лист, спираль) не может быть распознана. Удивительно, но если оставить только один кадр, можно было увидеть его вторичную структуру. Итак, как включить распознавание вторичной структуры для pdbфайла с несколькими кадрами?

Пример файла pdbс несколькими кадрами показан ниже.

REMARK    GENERATED BY TRJCONV
TITLE     Protein in water t=   0.00000
REMARK    THIS IS A SIMULATION BOX
CRYST1  116.453  116.453  116.453  90.00  90.00  90.00 P 1           1
MODEL        1
ATOM      1  N   ASP     1      85.582  59.777  48.367  1.000.0000           N
ATOM      2  H1  ASP     1      84.882  59.067  48.507  1.000.0000           H
ATOM      3  H2  ASP     1      85.162  60.617  48.747  1.000.0000           H
... ...
ATOM   6615  OT  ALA   442      28.032  36.877  69.157  1.000.0000           O
ATOM   6616  O   ALA   442      30.092  36.087  68.677  1.000.0000           O
ATOM   6617  HO  ALA   442      30.072  35.867  69.597  1.000.0000           H
TER
ENDMDL
REMARK    GENERATED BY TRJCONV
TITLE     Protein in water t= 1000.00000
REMARK    THIS IS A SIMULATION BOX
CRYST1  116.384  116.384  116.384  90.00  90.00  90.00 P 1           1
MODEL        2
ATOM      1  N   ASP     1      75.052  41.097  56.132  1.000.0000           N
ATOM      2  H1  ASP     1      75.622  41.407  55.352  1.000.0000           H
ATOM      3  H2  ASP     1      75.602  41.357  56.932  1.000.0000           H
ATOM      4  H3  ASP     1      74.682  40.167  56.272  1.000.0000           H
ATOM      5  CA  ASP     1      74.032  42.157  56.202  1.000.0000           C
... ...
ATOM   6615  OT  ALA   442      45.292  49.247  90.922  1.000.0000           O
ATOM   6616  O   ALA   442      47.102  49.617  89.632  1.000.0000           O
ATOM   6617  HO  ALA   442      47.662  49.327  90.342  1.000.0000           H
TER
ENDMDL

введите описание изображения здесь введите описание изображения здесь

Я подозреваю, что PDB неправильно сформирован. Есть ли он где-нибудь в сети, чтобы я мог взглянуть на него? В качестве альтернативы, не могли бы вы опубликовать выдержку из записей HELIX и/или SHEET из файла?
Я заметил, что записи ATOM не содержат идентификатор цепочки. Я не уверен, что это помешает PyMol распознавать элементы вторичной структуры.
@canadianer идентификатор цепочки не проблема, так как он работает для одного кадра
Хорошо... Правильно ли отображается модель ЯМР с несколькими конформерами (например, 5VKV)?
Так что это должен быть именно этот PDB. Если с той частью файла, которую вы разместили, что-то не так, я не знаю, что это. Есть ли в файле с несколькими моделями записи HELIX/SHEET?
А, хорошо, я могу воспроизвести это. Если вы сравните исходную модель с моделью, в которой удалены записи HELIX, вы можете заметить, что назначения вторичной структуры не идентичны. Кажется, что если запись HELIX отсутствует, PyMol пытается присвоить себе вторичную структуру. По какой-то причине он не делает этого, если присутствует несколько моделей. Вы должны иметь возможность использовать команду dss , чтобы заставить PyMol вычислять вторичную структуру в PDB с несколькими моделями.
Да, точно! не могли бы вы ответить на него? (так что я могу принять ваш ответ)
Конечно; рад, что это сработало для вас.

Ответы (1)

Кажется, что если HELIXв PDB нет записей, PyMol пытается самостоятельно назначить вторичную структуру. По какой-то причине он не делает этого, если MODELприсутствует несколько s. Вы должны иметь возможность использовать dssкоманду, чтобы заставить PyMol вычислить вторичную структуру в PDB с несколькими MODELs.

Спасибо за это, было так легко "исправить" это! Работает как шарм.
@MarcinMagnus Добро пожаловать!
Может ли pymol показать мультфильм (вторичную структуру) для pdb из нескольких кадров?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v