Как называется дцРНК (или ДНК), в которой все нити компонентов идентичны (т. е. когда комплекс состоит из нескольких копий одной и той же одноцепочечной РНК)?
Пример: 2 идентичные ssRNA, образующие dsRNA
C C G C G G C G G
| | | | . | | | |
G G C G G C G C C
Кроме того, есть ли для него другое название в зависимости от степени комплементарности (полная комплементарность по Уотсону-Крику против полной комплементарности с парами оснований, отличных от Уотсона-Крика, или более низкая комплементарность из-за выпуклостей и т. д.)?
Мои мысли
Вероятно, вы не стали бы говорить «гомо n-мер РНК» (в приведенном выше примере «гомо-димер/2-мер»), так как я предполагаю, что это относится к ssРНК длиной 2 нуклеотида?
Можете ли вы использовать термины димер, тример, тетрамер, 5-мер, 6-мер и т. д. по-разному; (a) относится к связыванию нуклеотидов друг с другом с образованием полимера/n-мера нуклеотидов, т.е. полирибонуклеиновой кислоты, и (b) к связыванию цельных ssRNA или dsRNA друг с другом с образованием «димера»?
Вы также, вероятно, не назвали бы это «гомодуплексом», поскольку это относится к чему-то, связанному с хромосомным кроссовером .
Такая последовательность нуклеиновой кислоты описывается как палиндром или палиндром .
В Википедии есть запись для палиндромной последовательности , в которой она определяется как:
Палиндромная последовательность представляет собой последовательность нуклеиновой кислоты на двухцепочечной ДНК или РНК, в которой считывание от 5' (пять штрихов) до 3' (три штриха) вперед на одной цепи соответствует последовательности, читаемой от 5' до 3' комплементарной цепи, с которой он образует двойную спираль. Таким образом, это определение палиндрома зависит от того, являются ли дополнительные нити палиндромами друг друга.
Следует отметить, что это описание (а не название ), которое обычно применяется к сегментам более крупных молекул нуклеиновых кислот или к синтетическим конструкциям. Я не знаю общего названия для короткой дцРНК (или дцДНК), подобного названию в вопросе, поскольку, насколько мне известно, они не встречаются в природе, и поэтому не было причин придумывать для них название. Таким образом, нет названий и для вариантов. Если вы хотите написать статью о таких вещах, вам нужно будет изобрести свои собственные термины, но держитесь подальше от «-меров» (см. использование, например, тетрамера ).
Последовательность, представленная в вопросе, не соответствует определению Википедии, приведенному выше, поскольку она имеет центральное несоответствие и, следовательно, не является идеальной двойной спиралью. Однако, поскольку использование термина «палиндром» для нуклеиновых кислот является несколько бесцеремонным расширением общего использования английского слова « палиндром» (примером которого является «ABLE WAS I ERE I SAW ELBA»), я бы счел еще одну незначительную модификацию определения автора Википедии как безупречный.
Опубликованная вами конкретная последовательность не является строго палиндромом, поскольку обратное дополнение верхней нити не совпадает с нижней нитью. Хотя центральный орган, дающий эти определения, отсутствует, на мой взгляд, лучшим термином был бы инвертированный повтор , подмножеством которого являются палиндромы (перевернутые повторы без промежуточной последовательности). Конечно, последнее слово будет за его преобладающим использованием в литературе (с которой я не слишком хорошо знаком).
Кроме того, показанная вами конкретная последовательность формирует внутреннюю петлю , хотя нет требования, чтобы внутренние петли формировались из инвертированных повторов.
Николай