В большинстве объяснений участки РНК, удаленные во время сплайсинга, называются интронами, а оставшиеся сегменты, сшитые вместе, называются экзонами. То есть интроны и экзоны определяются с точки зрения процесса сплайсинга.
Но я столкнулся с несколькими контрпримерами. Например:
Из простого ответа на загадку сплайсинга :
Экзоны без этих элементов [экзонные энхансеры сплайсинга (ESEs)] обычно не распознаются и, как правило, исключаются из зрелой мРНК.
И из Википедии по альтернативному сплайсингу :
Сохранение интрона: последовательность может быть сплайсирована как интрон или просто сохранена...
В каком смысле экзон остается экзоном (а не интроном), если он имеет тенденцию исключаться из мРНК? В каком смысле интрон является интроном, если он входит в состав альтернативно сплайсированной мРНК?
Вы должны знать, что:
Интроны представляют собой некодирующие области транскрипта РНК или кодирующей его ДНК, которые удаляются путем сплайсинга перед трансляцией.
Экзон — это любая часть гена, которая будет кодировать часть конечной зрелой РНК, продуцируемой этим геном после удаления интронов путем сплайсинга РНК .
Теперь об исключениях альтернативного сплайсинга : Вот,
определенные экзоны гена могут быть включены или исключены из конечной процессированной матричной РНК (мРНК), полученной из этого гена. Наблюдаются многочисленные способы альтернативного сплайсинга, наиболее распространенным из которых является пропуск экзона. В этом режиме конкретный экзон может быть включен в мРНК при одних условиях или в определенных тканях и исключен из мРНК в других.
По-видимому, это значительно увеличивает биоразнообразие белков (поскольку существуют различия в их аминокислотной последовательности и, часто, в их биологических функциях), что может объяснить, почему это так распространено.
Таким образом, в этом случае становится легче понять, если вы используете «кодирование» и «некодирование» в качестве разницы вместо «сращивание» и «не сращивание».
EDIT- Кодирующая область гена:
В ДНК кодирующая область фланкирована промоторной последовательностью на 5'-конце матричной цепи и терминирующей последовательностью на 3'-конце. Хотя этот термин также иногда используется взаимозаменяемо с экзоном, это не одно и то же: экзон состоит из кодирующей области, а также из 3'- и 5'-нетранслируемых областей РНК, поэтому экзон будет частично состоит из кодирующих областей. 3'- и 5'-нетранслируемые области РНК, которые не кодируют белок, называются некодирующими областями.
Ранее я забыл о UTR, поэтому я включил это. Теперь, если имеется определенная последовательность, в которой находятся кодирующие области, это указывает на то, что кодирующие области должны быть внутренними. Еще один аргумент в пользу:
Данные свидетельствуют о том, что существует общая взаимозависимость между шаблонами базовой композиции и доступностью кодирующей области. Считается, что кодирующая область содержит более высокое содержание GC, чем некодирующие области. Дальнейшие исследования показали, что чем длиннее кодирующая цепь, тем выше содержание GC. Короткие кодирующие цепи по-прежнему сравнительно бедны GC, подобно низкому содержанию GC в кодонах остановки трансляции базовой композиции, таких как TAG, TAA и TGA.
Дэйвид