Я видел, что аминокислоты обычно заменяют на VAL, MET или ALA для изучения эффектов этих конкретных замен. Почему используются именно эти специфические аминокислоты, каковы ожидаемые результаты этих замен, могут ли замены других аминокислот дать такие же результаты, и каков источник этого метода?
Замена одной аминокислоты и проверка ее влияния на белок — это метод определения того, что эта конкретная аминокислота делает в белке. Например, замена аминокислоты, входящей в состав каталитического ядра, почти всегда делает белок нефункциональным.
Аланиновое сканирование — это метод, при котором аминокислоты в белке методично заменяются аланином. Аланин, вероятно, является наиболее нейтральной заменой, вы по существу удаляете боковую цепь аминокислоты. Глицин, например, будет проблематичным, потому что он более гибкий и может принимать вторичные структуры, которые не могут другие аминокислоты.
Если вы хотите узнать, что делает конкретная аминокислота, вы не хотите вводить какие-либо другие новые эффекты при ее мутации. В зависимости от того, на что именно вы смотрите, замена другими аминокислотами, безусловно, возможна. Некоторые изменения в аланине могут быть слишком радикальными, и вы можете заменить аминокислоту более похожей на исходную. Здесь все зависит от того, что именно вы смотрите.
МэттДмо