Проблемы с SDS-PAGE, нет разделения - в чем может быть проблема?

Я работаю в лаборатории, где у нас есть общий запас 30% акриламида, TEMED, TRIS-HCl (pH 6,8 и pH 8,8) и 10% (масса/объем) раствора SDS pH 7,2.

Мы используем рецепт для загрузки буфера (который мы, конечно, смешиваем с BME перед использованием):

  • 3,15 мл воды MilliQ
  • 1,25 мл 0,5 М Трис-HCl
  • 2,9 мл 85% глицерина
  • 2 мл 10% ДСН
  • 0,4 мл 0,5% (масса/объем) бромфенолового синего

Наша проблема в том, что нет разделения.

Я попытался сделать 2 геля, потому что я мог смешать разделяющий и укладочный гель, но я убедился, что не делаю этого во второй раз. Затем я попросил кого-то еще сделать гель, и у них это тоже не сработало (ничего на геле, ни образцов, ни лестницы).

Затем я переделал 10% раствор SDS и оба ТРИС-буфера, но опять происходит что-то странное, так как мы ничего не получаем на геле.

Гели, очевидно, полимеризуются, так как это твердый гель, когда вы достаете его для окрашивания и удаления красителей, и я не понимаю, как загрузочный буфер может это сделать, даже если вы его испортите (потому что вы должны увидеть что-то на геле, если ваш образец в лунке, даже без денатурации). Мы явно переделали загрузочный краситель и попробовали еще раз, но это не работает.

Я знаю, что в образцах есть белок, так как помещаю клеточный осадок и очищенный белок (каталитическую активность которого я проверил) на один и тот же гель.

У кого-нибудь есть рациональное объяснение этому или предположения о том, что обычно может быть неправильным.

Ниже приведено изображение геля, как он выглядит, когда он почти закончил работать при 200 В (80 мА) в течение примерно 40 минут. Когда мы окрашиваем и удаляем краску, на геле ничего не остается. Также я думаю, что цвет (бромфеноловый синий) выглядит немного странно на геле, не так, как обычно, см. рисунок ниже, но, возможно, я становлюсь немного параноиком.

Гель работает при 200 В с 80 мА

Вы пробовали использовать другой протеин? Или окрасить белок из геля, чтобы увидеть, что он действительно окрашивается?
Также попробуйте использовать предварительно окрашенную белковую лестницу в одной из лунок. (Предпочтительно тот, который поставляется в готовом виде и не требует загрузки красителя/нагрева/BME.) Это должно отделить проблемы с вашим гелем/условиями работы от любых проблем с вашим белком/загрузкой красителя/процессом окрашивания.
Могут ли другие люди в вашей лаборатории увидеть белок в своих гелях? Не ваш конкретный белок, а любой другой белок, с которым они работают. Если у вас нет предварительно окрашенных маркеров, это также должно сказать вам, является ли это проблемой геля/окрашивания или проблемой с вашим конкретным белком. Кроме того, сколько белка вы потребляете?
Спасибо за вклад, после повторной регулировки pH всего и создания нового рабочего буфера с новым раствором SDS разделение, кажется, вернулось. Это все еще немного загадка, но, возможно, SDS (внезапно) устарел, и, поскольку он присутствует как в загрузочном красителе, рабочем буфере, так и в геле - он просто не работает. Я немного читал, и кажется, что некоторые говорят, что 10% SDS не должен быть старше 6 месяцев, нашему было 5 лет, но неделю назад он работал нормально.

Ответы (1)

После корректировки pH всего и создания нового рабочего буфера с новым раствором SDS разделение, кажется, вернулось.