У меня есть некоторые гены, которые показали потерю числа копий между двумя группами. Теперь я хочу увидеть регулирование количества копий этих генов. Я действительно не знаю об этой концепции. Может кто-нибудь, пожалуйста, четко сказать мне об этом, например, почему мы должны проверить регуляцию генов потери числа копий? И есть идеи, как это сделать?
Спасибо
Было бы полезно, если бы вы показали нам, какие данные вы просматриваете, поскольку вариации числа копий и экспрессия генов могут быть обнаружены похожими, но разными способами.
Вообще говоря, как экспрессия генов, так и CNV обнаруживаются путем подсчета количества прочтений, которые сопоставляются с данной областью генома. Разница в том, что CNV обнаруживаются с помощью секвенирования ДНК, а экспрессия генов выявляется с помощью секвенирования РНК. Это важное различие, поскольку CNV являются более стабильным геномным признаком, чем экспрессия генов. Просмотр Центральной догмы может помочь, если это сбивает с толку.
В контексте вашей проблемы главное понять, что CNV могут оказывать влияние на экспрессию генов, но экспрессия генов не может влиять на CNV. Наличие меньшего количества копий гена означает, что процесс транскрипции РНК для его экспрессии не может протекать так же быстро, как обычно. Таким образом, в организме с геном X, у которого наблюдается потеря числа копий, имеет смысл ожидать уменьшенную экспрессию гена X, чем в организмах, чей геном включает больше копий этого гена X. Если вы просите курс бакалавриата, скорее всего, это все предполагается, что вы понимаете, что такое «регулирование количества копий»: максимальная скорость транскрипции гена зависит от того, сколько копий этого гена доступно для транскрипции .
Регуляция генов становится важной для понимания того, как организм с меньшим, чем обычно, числом копий гена X в ДНК может иметь такое же количество экспрессированной РНК гена X, как и организм с нормальным числом копий гена X. Предположим, что некоторая молекула M, необходим для экспрессии X, но через короткое время деградирует. Клетка будет посылать М в ядро всякий раз, когда ей нужно, чтобы Х экспрессировался, и количество Х-транскриптов, продуцируемых на молекулу М, будет зависеть от количества Х-копий, доступных для транскрипции. Если М в изобилии и может постоянно посылаться в ядро, то клетка с меньшим количеством копий Х теоретически может произвести столько же Х, сколько клетка с нормальным числом Х копий, хотя это займет немного больше времени. Если вместо этого M является конечным ресурсом внутри ячейки,
Конечно, если M происходит от гена, демонстрирующего увеличение/уменьшение числа копий, то это также может сыграть важную роль в том, сколько транскриптов X РНК вы в конечном итоге обнаружите (даже в том случае, если X на самом деле имеет нейтральное число копий). Надеюсь это поможет.