Сколько совместно экспрессирующихся генов можно ожидать в ткани?

Я работаю с микрочипами экспрессии генов опухолевых тканей и хочу использовать программу для поиска кластеров коэкспрессируемых генов, чтобы узнать, экспрессируются ли некоторые конкретные гены совместно с другими генами и какие гены это.

Поскольку я должен сделать это для многих экспериментов с микрочипами, и я читал, что существует множество генов, которые имеют постоянную экспрессию в ткани, я ранжировал ген по его изменчивости (коэффициенту вариации), который они имели в экспериментах, и оставляю первый. 3000 генов для поиска их коэспрессии. Затем я использовал программу (пакет биокондуктора), чтобы найти совместное выражение.

Так вот, я ожидал найти несколько кластеров генов (без особых причин для этого) в эксперименте, который я использовал в качестве примера, но вместо этого я нашел только один кластер коэкспрессированных генов примерно из ста, и другие гены не были коэкспрессированы.

У меня такой вопрос: этот результат может иметь биологический смысл, или я где-то совершаю ужасную ошибку? Заранее спасибо.

Вы сгруппировали гены на основе чего?
На самом деле невозможно интерпретировать ваш анализ, когда мы не знаем, что это за данные. Сколько имеется выборок (гибридизаций массивов)? Каковы условия, вы ожидаете хорошего разнообразия профилей экспрессии? Есть ли какие-либо признаки того, что данные хорошего качества, например, согласованные реплики? Многие общедоступные наборы данных имеют небольшой размер/плохое качество и не могут быть использованы для кластерного анализа.
Кроме того, вы можете посетить лабораторию Ольги Троянской в ​​Принстоне, reducio.princeton.edu/cm/ogt. Они уже некоторое время работают над крупномасштабными проблемами коэкспрессии и предоставляют программные библиотеки, решающие многие основные проблемы.

Ответы (2)

  • Посмотрите красивую публикацию Daniel Ramsköld et al. 2009 , в котором содержатся цифры ожидаемого совместного выступления.
  • Конкретный уровень совместного выражения, применимый к вашему сценарию, будет зависеть от вашей ткани, ваших порогов и вашего определения совместного выражения.
  • Если вы ищете совместное изменение некоторых генов в разных образцах (а не совместное выражение), количество генов, которые должны измениться, будет зависеть от лежащей в основе биологии (и, таким образом, предотвратить общий ответ без учета специфики вашего образца). .

Существуют определенные очень четко определенные группы генов, которые, как вы ожидаете, будут совместно экспрессироваться, например, рибосомальные белки, субъединицы протеосом, компоненты сплайсинга, субъединицы VHATPазы; и каждая из этих групп совместно выражается в различных обстоятельствах. Поэтому мне кажется, что либо ваши различные опухолевые ткани (если это так) находятся в одинаковых условиях, поэтому вы не можете дифференцировать эти кластеры, либо что с вашим анализом возникла какая-то проблема.

Сколько совместно экспрессирующихся генов можно ожидать в ткани?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v