Сдвиги микросателлитов (пиковые вызовы) GeneMapper! Дипломная помощь!

Я учусь в магистратуре и пытаюсь провести анализ происхождения популяции рыб для своей диссертации. Мой консультант и постдоки не очень помогли, поэтому мне нужна помощь! У меня есть динуклеотидные микросателлитные маркеры, которые я проверил на группе людей.

Я использую GeneMapper 4.0 для подсчета аллелей указанных маркеров, но что-то не так. Мои аллели сдвинуты туда, где они неравномерно распределены по своим размерам. Например, в данном локусе для одного человека у меня есть один пик аллеля 152, а пик другого аллеля - 161 (это очевидная гетерозигота).

Этот «сдвиг» не имеет смысла, учитывая, что мои маркеры представляют собой динуклеотиды и должны располагаться на расстоянии 2 п.н. друг от друга, верно? Так что либо 152 на самом деле 151/153, либо 161 на самом деле 162/160. Как я могу их оценить и решить эту проблему, сохраняя при этом согласованность для последующего анализа? Я вижу этот сдвиг повсюду, и я уже исключил загрязнение, и я уверен, что эти пики реальны. Кто-нибудь из представителей поп-генерации знает, что делать?

Я застрял на этом в течение нескольких недель, никакой поиск в Интернете / чтение бумаги не помогли. Спасибо!

@MikeTaylor Большое спасибо! Я очень рад это слышать. Мои пики прекрасны, но сдвигов так много, что я не уверен, в какую сторону оценивать тот или иной аллель. Должен ли я сделать нечетное четным или четное нечетным? Я использую GeneMapper, если у вас есть опыт, я был бы очень признателен за совет! Спасибо еще раз!
Вам не нужно менять размер аллеля. Есть ли причина, по которой вы не можете использовать размеры, как они называются программой, независимо от четного или нечетного размера?
Вот еще один способ подумать об этом. Предположим, что все предковые аллели имели четные размеры, но вы не знаете, каковы были эти размеры. Вставка происходит после области повтора. При удалении размер уменьшится на единицу. Если вставка, размер увеличится на единицу. Как правило, вы не можете сказать, было ли изменение вызвано вставкой или удалением. Вот почему вы не должны изменять размер аллеля. Вы меняете данные на основе непроверяемых (и ненужных) предположений.
@MikeTaylor Большое спасибо за ваши ответы! Я не доверяю автоматическому объединению и определению пиков в программном обеспечении только потому, что один и тот же аллель непоследовательно называют разными размерами, если он немного сдвинут. Я знаю, что должен сохранять один и тот же пик во всех моих образцах, которые называются одинаковыми, но нечетность/четность беспокоила меня из-за несоответствия. Теперь я не так колеблюсь, чтобы назвать пик четным, даже когда остальные нечетные, до тех пор, пока я последовательно называю этот пик такого размера, я думаю. Спасибо за вашу помощь, Майк!

Ответы (1)

Ваши маркеры, вероятно, в порядке, особенно потому, что вы продолжаете видеть один и тот же аллель у разных людей. Динуклеотидные повторы не всегда идеально копируются. Скорее всего, помните, что праймеры, которые вы используете для амплификации ваших микросателлитов, связываются за пределами реальной области повторов. У вас может быть вставка/делеция в области между праймерами и повторяющейся областью, изменяя размеры ваших аллелей с четных на нечетные (или наоборот).

Мне нравится этот ответ, но я думаю, вы должны были упомянуть поток генов
Сдвиги микросателлитов (пиковые вызовы) GeneMapper! Дипломная помощь!
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v