Сколько генов у D. melanogaster?

Очевидно, что 100% точного числа нет, но я наткнулся на это на flybase , золотом стандарте для аннотации. Я сейчас в замешательстве. «Гены расположены в геноме», это то, что я ищу? Если да, то что означает «гены, не расположенные в геноме»?

Я предполагаю, что гены, не расположенные в геноме , — это те, которые не могут быть картированы на конкретной хромосоме, но являются частью некоего некартированного контига. Вы можете видеть это из файла GTF, но цифра не соответствует показанной здесь статистике . На самом деле страница статистики сообщает в общей сложности о 32078 записей генов, но GTF имеет только 17716 (что совпадает с генами, расположенными в геноме, включая некартированные контиги и митохондрии). Таким образом, я предполагаю, что другие гены просто присутствуют в сборке транскриптома и не картированы ни в одном контиге генома.
@WYSIWYG это связано с генами и фенотипами из литературы до секвенирования генома.

Ответы (1)

РЕДАКТИРОВАТЬ

Личная переписка с представителем FlyBase.org

В FlyBase мы собираем информацию о генах и фенотипах уже более 20 лет, включая информацию из статей и ресурсов более раннего периода. Мы аннотируем модели генов на сборке генома Drosophila melanogaster и, когда это возможно, связываем эти аннотации с другой информацией (например, фенотип, функция и т. д.), которая известна о гене. Однако в некоторых случаях, особенно для генов и фенотипов, которые были описаны в более ранней литературе до секвенирования генома, у нас все еще есть некоторая информация об этих генах, но мы не можем связать эту информацию с аннотацией генома. Это то, что мы называем нелокализованными генами (то есть генами без аннотации к геному).

Сколько генов у D. melanogaster?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v