Информация о положении сайтов связывания гетерохроматина

Взгляните на эти данные ChIP-seq для HP1 у дрозофилы: 1 , 2 и 3 . Из данных ChIP-seq можно найти расстояние между пиками TFBS и TSS гена.

Вы также можете искать позиционирование нуклеосом и области гиперчувствительности к ДНКазе; для первого я уверен, что данные доступны для дрозофилы.

Как говорилось в предыдущем ответе, есть некоторые общедоступные данные HP1 ChIP-seq от D. melanogaster, если не из DGRP, из modENCODE и, возможно, других. В случае modENCODE они опубликовали не только чтения, но и пиковые вызовы (сопоставление с Eland + вызовы с MACS).

BEDTools ( https://github.com/arq5x/bedtools2 ) — это хороший инструмент командной строки для управления интервалами с геномными координатами, а команда Bedtools Nearest может вычислить расстояние до ближайшего объекта. Это будет выглядеть примерно так:

bedtools closest -d -a genomic_features.gff3 -b peak_calls.gff3

Где часть «genomic_features» будет любым подмножеством аннотации генома, которое вас интересует.

Я проработал небольшой пример с данными modENCODE, аннотацией стенограммы Flybase и BEDTools:

http://martinsbioblogg.wordpress.com/2014/07/04/finding-the-distance-from-chip-signals-to-genes/

Ваше здоровье,

м.