Содержание ДНК в семенах растений по сравнению с мякотью плодов

Есть ли публикация, сравнивающая выход ДНК и/или ПЦР-амплификацию после извлечения из мякоти фруктов (таких как яблоки, апельсины, вишни и т. д.) по сравнению с семенами тех же фруктов?

Я бы предпочел ссылочку, но ваш неопубликованный опыт мне тоже интересен.

Быстрое предположение состоит в том, что будет легче извлечь ДНК (без ингибиторов) из свежего материала, поскольку семена созданы для выживания. Это может вызвать проблемы при подготовке.
Клеточные стенки представляют собой серьезную проблему для (длины секвенирования) выделения ДНК. Обычно вы получаете более полезный урожай от мякоти плода, чем от твердых семян. Однако другой проблемой может быть эфирное масло в мякоти фруктов.

Ответы (1)

Это зависит от семян и плодов, о которых вы говорите.

Количество ДНК в вашем измельченном образце растительного вещества зависит только от одного — от того, сколько клеток содержится в вашем образце. Посмотрите на эту диаграмму зерна кукурузы ( Университет штата Индиана ):

кукуруза

Плотность клеток в каждой области разная — в эндосперме клетки могут быть огромными (и, следовательно, иметь более низкую плотность ДНК по сравнению с эмбрионом).

Давайте посмотрим на окрашенное горчичное семя ( Лондонский университет ):

гистология семян горчицы

Как видите, клетки здесь очень плотные. Более плотный означает больше ДНК на единицу образца .

В отношении фруктов действует то же правило. Verner, 1938, показывает интересную гистологию ткани яблока, которая может дать вам представление о плотности клеток в ткани плода (опять же, она будет разной для разных фруктов — поищите "fruitname histology", если вам интересно).

Однако теперь, когда мы поговорили о плотности, нам нужно подумать о том, как извлечь ДНК. Процесс экстракции на самом деле гораздо важнее с точки зрения конечного выхода.

Семена многих растений содержат полифенолы, которые могут вызывать деградацию ДНК. Этот протокол ( Cornell U ) детализирует многие из возможных недостатков:

Сообщалось также, что эти соединения вызывают трудности при очистке ДНК у других видов растений; полисахариды (Murray and Thompson, 1980; Fang et al., 1992); полифенольные соединения (Katterman and Shattuck, 1983; Couch and Fritz, 1990; Howland et al., 1991; Collins and Symons, 1992); и липкие и смолистые материалы (Webb and Knapp, 1990).

Эти загрязнения могут разрушать ДНК, но также делают ее непригодной для ПЦР-амплификации и эндонуклеазного расщепления ( Kim et al. 1997 , Cornell U , EPICENTER Biotechnologies ).

В целом, определенно существуют видоспецифичные различия в содержании ДНК плодовых/семенных растений. На практике , однако, наиболее важным фактором выхода ДНК и ее жизнеспособности для будущих экспериментов является чистота и загрязнение образца. Конкретные фрукты и семена могут содержать один или несколько из вышеперечисленных загрязнителей, поэтому ответ на вопрос «Семена или фрукты?» определенно зависит от вида растения, с которым вы работаете.

Содержание ДНК в семенах растений по сравнению с мякотью плодов
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v