У меня есть набор данных с уровнями экспрессии списка генов, измеренных в повторах в два разных момента времени между двумя группами; контрольная группа и группа больных.
Я хочу определить изменения в экспрессии между двумя группами, однако у меня возникли некоторые проблемы с формулировкой, как лучше всего это сделать. Например, если у меня есть и как контрольная группа, измеренная в и соответственно, и и в качестве группы заболеваний я пытался сделать:
Я чувствую, что кратное изменение было бы уместным, однако, похоже, это не имеет никакого логического смысла для генов, где или .
Может ли кто-нибудь предложить подходящее соотношение или измерение? Это достаточно просто, когда вы просто сравниваете C и D (например, вы просто находите ), однако я не уверен, как относиться к разным временным точкам.
Профиль экспрессии генов может меняться в разные моменты времени между двумя группами; вы должны решить, что вы на самом деле хотите измерить. Если вы хотите увидеть, отличается ли больная группа от контрольной, вам следует сравнивать их в каждый момент времени. В большинстве ситуаций вам нужно будет сравнить только их стационарное поведение.
Представьте себе больного человека, у которого на определенных стадиях развития обнаруживаются некоторые физиологические отличия от контрольной группы, но в конце концов он оказывается совершенно нормальным. Так что в большинстве случаев имеет значение стационарное состояние, а не переходные процессы.
Однако, если вас интересует изменение выражения , вам следует сравнить ([D 1 ] - [D 0 ]) с ([C 1 ] - [C 0 ]) . Это подскажет, схожа динамика заболевших и контрольных образцов или нет.
Есть проблемы с изменением кратности. Хотя это достойные меры, вы не можете применить t-тест с кратными изменениями (нормализация до 1 — это другое).
Вы можете выполнить еще один t-тест между [C 1 ] и [C 0 ] (аналогично для D ). Это скажет вам, меняет ли свое выражение больная или контрольная популяция в момент времени t=1 или нет.
Насколько я знаю, вы не можете сравнивать динамику и значения симуляционно. То, что вы должны протестировать, зависит от того, что вас интересует.