У нас есть данные об экспрессии генов (результаты экспрессии генов мРНК Affimetrix) для нескольких клеточных линий по набору генов. Наша цель состояла бы в том, чтобы иметь возможность сравнивать относительную экспрессию генов в разных клеточных линиях.
Метод, о котором мы до сих пор думали, включает в себя вычисление некоторого среднего значения на основе генов (экспрессия определенного гена по всем линиям) и нормализацию наших данных об экспрессии, сгруппированных по генам, на основе этого. Однако мы не уверены, что это допустимый метод для получения данных относительного выражения из нашего набора данных, особенно для того, чтобы мы могли сравнивать данные из нескольких строк.
Кажется ли это правильной стратегией? Как обычно выполняется эта нормализация? Должны ли мы сделать что-то по-другому, чтобы получить лучшее сравнение?
Спасибо большое!
Это непростая задача, так как есть много факторов, которые вы должны принять во внимание. Во-первых, существуют различия внутри эссе, поскольку немного различаются условия для каждого набора тестов для повторений. Кроме того, существуют различия между анализами, такие как различия в слайдах массива и т. Д., В этой статье (« Анализ данных экспрессии генов микрочипов ») более подробно рассматривается.
Эти статьи также могут быть полезны:
Что вы также можете сделать, так это пройти через Researchgate , я думаю, что вокруг есть больше людей с большим опытом в этой области.
Если ваши данные поступили из одной лаборатории и нормализация стандартного протокола gcrma является хорошим методом для использования (и поставляется с пакетом affy R); если массивы относятся к типам U133A или HGU133plus2, рекомендуется использовать замороженный RMA. Наконец, вы можете проверять и контролировать пакетные эффекты с помощью ComBat и использовать скорректированные данные выражения.
канадец