Что касается пути Wnt в KEGG, файл KGML этого пути содержит описание каждого взаимодействия между парой генов. Эти взаимодействия обозначаются в виде:
entry1="46" entry2="41" type="PPrel" subtype name="inhibition" value="--|"/ subtype name="phosphorylation" value="+p"/
В некоторых записях количество записей «подтипа» реакции равно 2, а в некоторых - одной, как для вышеупомянутого взаимодействия. Другая запись выглядит следующим образом:
entry1="47" entry2="46" type="PPrel" subtype name="phosphorylation" value="+p"/ relation
Почему у некоторых записей есть 2 типа взаимодействия, а у некоторых один? Что это означает биологически?
Существует тип взаимодействия, называемый «составным». Что биологически означает сложное взаимодействие?
<relation entry1="17" entry2="16" type="PPrel"> <subtype name="compound" value="4"/> </relation>
См. руководство :
PPrel в каждом из них означает белок-белковое взаимодействие, поэтому мы хотим подойти к ним, думая о том, что белковые продукты этих генов могут делать друг с другом.
В первом и втором примерах подтип(ы) дают больше информации о взаимодействии. Они не обязательно исключают друг друга. Например, фосфорилирование может привести к активации, ингибированию, чему-то еще или неизвестному. Для первого есть фосфорилирование и эффект ингибирования. Для второго взаимодействие представляет собой фосфорилирование, но эффект не охарактеризован.
Когда соединение относится к подтипу для отношения PPrel, значение представляет собой идентификатор элемента входа для соединения (поэтому ищите элемент входа 4), и он относится к промежуточному продукту двух взаимодействующих белков.
Де Ново
девушка101