Из статьи («Облегчение экспериментального аутоиммунного энцефаломиелита у крыс Льюиса при лечении FTY720», 2003 г.):
Мы проводили ПЦР-амплификацию в 100 мкл реакционной смеси, содержащей по 200 мкМ каждого из обычных dNTP, 10 пмоль каждого праймера и 2,5 ед TaqDNA-полимеразы (TaKaRa) с использованием праймеров IL-2 (300 пар оснований; п.н.) , 5 '-CAGCTGTTGCT GGACTTACAGG-3' и 5'-CACAGTTGATGGTCCATCATCG-3'; ИЛ-6 (294 п.н.), 5'-GACTTCACAGAGGATACCC-3' и 5'-TAAGTTGTTCTTCACAAACTCC-3'; INF-γ (310 п.н.), 5'-GGATATCTGGAGGAACTGGCAAAAG-3' и 5'-GCTAGATT CTGGTGACAGCTGGTG-3'; β-актин (461 п.н.) 5'-CATCGTGGGCCGCTCTAGGCA-3' и 5'-CCGGCCAGCCAAGTCCAGACGC-3'.
Я не совсем уверен: они имеют в виду, что праймеры «специфичны для гена IL-2»?
Означают ли они, что «5'-CAGCTGTTGCT GGACTTACAGG-3' и 5'-CACAGTTGATGGTCCATCATCG-3' являются праймерами, специфичными для гена IL-2»?
Судя по описанию, да, эти праймеры должны быть специфичными для гена IL-2. То, как они будут использоваться, будет на мРНК, а не на ДНК, поэтому вы можете использовать их для количественной оценки уровня транскрипции IL-2. Однако здесь, по-видимому, есть некоторый сбой, поскольку первая последовательность (5'-CAGCTGTTGCT GGACTTACAGG-3') соответствует мРНК крысиного IL-2, начиная со 120 в последовательности, а вторая (CACAGTTGATGGTCCATCATCG) не соответствует ни одному IL. -2; поиск BLAST выдает только случайные и нерелевантные совпадения.
Это может быть ошибка в работе (копирование и вставка неправильного букваря, что, к сожалению, крайне распространено); это могла быть ошибка в дизайне (кто-то использовал неправильный праймер и получил удачные результаты, которые, казалось, соответствовали их ожиданиям); или я могу делать что-то не так, и я больше не буду пытаться устранять неполадки, кроме этого.
( Редактировать , как указывает @VonBeche в комментариях, обратный праймер почти совпадает с 398, с несоответствием в один нуклеотид, которое испортило мой поиск - возможно, аллельный вариант, но в равной степени, возможно, ошибка)
Артем