Что означают цвета в изображениях аминокислот?

Я видел последовательности аминокислот, изображенные с помощью цветов, которые, как мне кажется, соответствуют тому, заряжена ли боковая цепь и т. д. Однако я не могу этого понять, и я не биолог и не биохимик. Я видел в Интернете несколько разных цветовых схем. Есть ли стандартный формат/схема, например, для следующего примера?

введите описание изображения здесь

Я не думаю, что существует общий стандарт для цветового кода аминокислоты — существуют разные соглашения, и авторы программного обеспечения или бумаги могут решить использовать свои собственные. Вы можете увидеть несколько примеров цветовых кодов здесь . Что касается вашего конкретного примера, я бы сказал, что это более или менее индивидуальный цветовой код, созданный для этого конкретного случая.

Ответы (1)

Не существует «стандартной» цветовой схемы для аминокислот в том смысле, в каком она рекомендована стандартами или профессиональной организацией для биохимиков. На практике используется несколько схем — либо программными приложениями, либо отдельными лицами — на основе двух основных критериев:

  1. Свойства аминокислот, на которые указывает цвет
  2. Выбор цвета отдельным автором для выражения предполагаемого сходства

Рисунок ниже взят со страницы, которую я нашел в Интернете с помощью случайного поиска, и относится к конкретному программному пакету. Он иллюстрирует некоторые возможные цветовые схемы, ни одна из которых не соответствует указанной в вопросе.

Цветовые схемы аминокислот

Схема «Химия» фокусируется на одном взгляде на химию — кислотности, основности, алифатичности, ароматичности, полярности (амиды и т. д.), хотя ей пришлось сделать выбор при классификации тирозина с триптофаном, а не с треонином. Схема «стройности» фокусируется исключительно на размере и форме, тогда как схема гидрофобности делает то, что следует из ее названия. Схемы «Zappo» и «Taylor» (никогда о них раньше не слышали) кажутся отдельными небольшими вариантами первых двух. Буквенная схема, по-видимому, является просто способом различения каждой аминокислоты в целях идентификации, а программное обеспечение для молекулярной графики (например, Jmol ) обычно позволяет раскрашивать аминокислоты вдоль белка градуированным образом от (например) красного до синего, чтобы указать путь. цепочки (например, в этом предыдущем вопросе в списке).

О, и я принял другую компромиссную схему (вероятно, с использованием цветов, легко доступных в Excel ) для статьи, которую я опубликовал в 2021 году :

Еще одна цветовая схема для аминокислот

Кода

В схемах, отражающих химию аминокислот, существует тенденция использовать синий цвет для основных аминокислот и красный цвет для кислотных. Возможно, это отражает широко используемый химический цветовой код CPK : синий для азота (как в аминогруппах) и красный для кислорода (как в карбоксильных группах), и его можно было рассматривать как помощь в распознавании. (Более простым объяснением может быть отношение к лакмусовой бумажке.)

Что означают цвета в изображениях аминокислот?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v