Как построить структуру тримерного белка из мономерного файла PDB?

Проблема: у меня есть файл PDB с мономером, но я хотел бы показать всю структуру, которая является тримерной, но я не понимаю, как объединить/построить или объединить мономерные единицы в полную структуру в COOT, SWISS. -PDBviewer или пимол?

Вот ссылка на белковый комплекс, на который я смотрю

Я был бы признателен : руководство о том, как это сделать (желательно в coot, pymol или Swiss-PDBviewer), или ссылка на учебник, который действительно проходит через это, было бы здорово!

Для справки: здесь я нашел несколько описаний того, как «собирать/объединять» со Swiss PDB viewer . И в треде из этого обсуждения я нашел описания того, как это сделать и с другими инструментами молекулярной графики (хотя я не до конца в этом разбираюсь)

Что я пробовал : в руководстве по SWISS-PDBviewer ( ссылка ) я могу следовать некоторым инструкциям, но не могу следовать им долго:

  • Я загружаю три одинаковых файла PDB в SWISS PDBviwerer (они наслаиваются друг на друга)
  • Я могу получить доступ/просмотреть слои в "информации о слоях"
  • Мне говорят открыть «текстовый значок», чтобы увидеть текстовый файл PDB, и найти строки «матрицы», которые должны идти прямо перед строками «атома». Цитата из инструкции:

« Прокрутите файл pdb вниз, пока не найдете строки MTRIX (они находятся непосредственно перед строками ATOM). Вы можете увидеть 9 строк MTRIX. Они представляют три матрицы преобразования и позволяют вам построить некристаллографические симметрии белка»

Я не могу найти строки « mtrix» в текстовом файле PDB и очень не уверен, как следовать следующим инструкциям ( ссылка ) после этого. Я не могу щелкнуть где-либо в текстовом файле, затем получаю сообщение об ошибке: « Извините, я не могу распознать любую интерактивную информацию под этим указателем».

Вот что я вижу над строкой " атом ":

введите описание изображения здесь

Я также обнаружил, что тримерное состояние можно загрузить как «биологическую сборку», однако мне все же хотелось бы знать, как это сделать самостоятельно.

Ответы (2)

Для этой молекулы нет карт MTRIX. Это кажется самым простым путем:

http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=4G3Y

Скачать файлы -> Биологическая сборка 1

то есть:

http://www.rcsb.org/pdb/files/4G3Y.pdb1.gz

И прочитайте этот файл в Coot (если хотите)

Спасибо за ссылку, но, как я прокомментировал свой собственный пост, я понимаю, что могу получить биологическую сборку (всю структуру). Но что такое mtrix-карта? и почему нельзя объединить мономеры (из-за отсутствия матрицы)? Меня больше интересует, как бы я сделал это самостоятельно, независимо от того, существует ли вся структура PDB. Вы говорите, что это невозможно с этим файлом?

Файл PDB содержит только асимметричную единицу и не содержит информации о потенциальном биологически значимом мультимере. Поэтому вам нужно будет получить информацию о состоянии в растворе экспериментальным путем.

При этом по размеру контактной поверхности часто можно сделать вывод, есть ли у вас потенциальная четвертичная структура. Можно сделать это вручную, но PISA-сервер тут весьма кстати, и он тоже выведет мультимерный PDB-файл:

http://www.ebi.ac.uk/pdbe/pisa/

Если вы просто хотите применить операторы симметрии к своему асимметричному устройству, чтобы создать сопряжения симметрии, вы можете сделать это в

Pymol:
- click Action/generate/symmetry mates/within X Å
- from the command line:
        symexp prefix, selection, cutoff
        , e.g. symexp sym,1GVF,(1GVF),5
   see also http://pymolwiki.org/index.php/Symexp

Coot:
- if you just want to look at the symmetry mates, activate View/Cell&Symmetry with an appropriate radius and/or select "Symmetry by molecule"
- if you would like to actually create the symmetry mates, try Extensions/Modelling/New Molecule from Symmetry Op  - however you will have to specify the SymOp manually.

Вам потребуется запись CRYST1 в файле PDB с правильной группой пробелов.

Замечание 350 можно использовать для описания биологической единицы.
Как построить структуру тримерного белка из мономерного файла PDB?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v