Белок-белковые взаимодействия — это когда два или более белка связываются вместе, возможно, для выполнения какой-то важной биологической функции. В последнее время я начинаю больше интересоваться белками и, в частности, сетями, связанными с белками, такими как сети межбелковых взаимодействий. Я поймал себя на размышлениях над следующим вопросом:
Вопрос : Влияет ли относительный размер двух белков на вероятность их взаимодействия? Влияет ли это на их взаимодействие?
Для меня было бы правдоподобно загрузить сеть взаимодействия белок-белок и рассчитать их относительный размер из файлов PDB белков . Однако я предсказываю, что результаты таких вычислений не дадут ясного представления о том, почему (или почему нет) размер белка влияет на связывание.
Белковые взаимодействия происходят в основном (если не все) через остатки, которые находятся на «поверхности» и подвергаются воздействию среды, в которой они существуют, будь то цитоплазматическая или внеклеточная. Таким образом, было бы наивно предполагать, что большая площадь поверхности означает большую полосу открытых областей и вероятных взаимодействующих частей. Один белок может связывать многие другие, даже одновременно, через разные такие поверхности взаимодействия. Однако другие факторы также определяют, взаимодействуют ли данный набор из двух белков, наиболее важным из которых является то, где они локализуются в данной клетке. Если один белок является ядерным, а другой находится на плазматической мембране, маловероятно, что они когда-либо взаимодействуют, даже если термодинамика очень благоприятствует образованию комплексов. Взаимодействие между двумя белками также зависит от их соответствующих конформаций. которые могут дополнительно регулироваться такими событиями, как посттрансляционные модификации (например, фосфорилирование киназой), состояние связанного нуклеотида (например, GTP против GDP в G-белке). Наконец, скаффолды также могут изолировать и организовывать кластеры белков в пространстве, увеличивая вероятность их взаимодействия. Все вместе взятые, я думаю, маловероятно, что простой взгляд на трехмерную площадь поверхности белка может многое сказать о его «взаимодействии» с другими белками.
@gkadam правильный и довольно исчерпывающий. Есть много вещей, которые могут повлиять на связывание белка, и многие из них имеют мало общего с самим белком, а скорее с тем, где он находится и что еще он делает.
При прочих равных условиях более мелкие белки будут формировать сети быстрее, чем более крупные по кинетическим причинам.
Различия в размерах не влияют на вероятность взаимодействия двух белков друг с другом. Большие белки и маленькие постоянно взаимодействуют.
арфа
Дуглас С. Стоунз