Хеликаза DnaB E.coli необходима для инициации репликации из хромосомного источника репликации (oriC) и присутствует in vivo в виде белкового комплекса с шестью мономерами белка DnaC-АТФазы и шестью молекулами АТФ (Wickner and Hurwitz, 1975; Lanka и Шустер, 1983). Инициация репликации ДНК в oriC начинается со связывания нескольких молекул бактериального белка-инициатора DnaA с повторами длиной 9 п.н. (боксы DnaA). Это связывание способствует дестабилизации соседних AT-богатых последовательностей, что приводит к раскручиванию двойной спирали ДНК и образованию открытого комплекса .
Я посмотрел в разделе «Репликация ДНК» Артура Корнберга, Тани А. Бейкер (авторы, вероятно, придумавшие этот термин), Google и Google.Scholar, но не наткнулся ни на какое определение.
Что это на самом деле?
Само предложение на самом деле является определением открытого комплекса : это структура, которая создается, когда двойная спираль ДНК раскручивается из-за белков DnaA.
Это связывание способствует дестабилизации соседних AT-богатых последовательностей, что приводит к раскручиванию двойной спирали ДНК и образованию открытого комплекса.
Я также нашел статью в соавторстве с самим Артуром Корнбергом, где авторы также сами определяют «открытый комплекс»:
Три тандемных повтора 13-мера в богатой АТ области необходимы для уникального начала репликации E. coli и отдаленно родственных Enterobacteriaceae. Эти повторяющиеся последовательности идентифицируют с помощью анализа делеций и чувствительности к эндонуклеазам как сайт для начального открытия дуплекса белком-инициатором dnaA. Этот «открытый комплекс» требует АТФ и 38% для оптимального образования и стабильности.
Есть несколько статей b,c , в которых термин «открытый комплекс» используется таким же образом.
Использованная литература:
a Дэвид Брэмхилл, Артур Корнберг, Открытие дуплекса белком ДНК в новых последовательностях при инициации репликации в начале хромосомы E. coli, Cell, Volume 52, Issue 5, 1988, Pages 743-755, ISSN 0092-8674, http ://dx.doi.org/10.1016/0092-8674(88)90412-6 . ( http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/0092867488904126 )
b Одзаки, Сёго и др. «Общий механизм АТФ-ДНК-зависимого образования открытых комплексов в начале репликации». Журнал биологической химии 283.13 (2008): 8351-8362. ( http://www.jbc.org/content/283/13/8351.full )
c Мукхопадхьяй, Гауранга и др. «Формирование открытого комплекса инициатором-хозяином, DnaA, в начале репликации плазмиды P1». Журнал EMBO 12.12 (1993): 4547. ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC413885/ )
Открытый комплекс представляет собой комплекс РНК-полимеразы и одной цепи ДНК ( антисмысловой цепи ). Тогда как закрытая цепь означает, что РНК-плоймераза присоединена к обеим цепям ДНК.
Процедура : РНК-полимераза сначала создает закрытый комплекс.
Затем создается открытый комплекс , когда двухцепочечная ДНК разделяется на две нити.
Тито Альба