Электропорация против генных пушек [закрыто]

Я не специалист по генным пушкам, но все же постараюсь дать ответ на этот вопрос.

По цене они оба относительно дешевы. Расходными материалами для электропораторов являются только кюветы, они стоят 5-10 долларов за штуку. В генных пушках в качестве пуль используются микробусины, и в зависимости от материала они стоят от 200 до 300 долларов за микрограмм, от 10 до 50 долларов за выстрел, что немного дороже, чем электропорация.

Что касается организмов, пистолеты используются в основном для растительных клеток и нескольких других организмов, «трудно поддающихся электропорации». У меня не было бы точного их списка, но грубо говоря, если вы работаете с бактериями, дрожжами и клетками млекопитающих, выберите электропоратор. Если вам нужно работать с тканями или целыми организмами, такими как черви/насекомые/растения, тогда используйте пистолет, вы определенно не сможете подвергнуть лист электропорации. Но в целом, проверьте литературу о том, что в настоящее время является лучшим методом преобразования выбранной вами системы.

Эффективность также в этом случае зависит от клеток, с которыми вы работаете. Электропорация достигает 10 ^ 9/10 ^ 10 трансформантов на микрограмм ДНК в случае E.coli, и это лучшая эффективность, которую вы можете получить в настоящее время. Все остальные клетки будут трансфицированы с меньшей эффективностью, насколько ниже? Это зависит от клеток!

Простота использования. Они оба очень просты в использовании, это вопрос нажатия кнопки. Для электропорации необходимо подготовить электрокомпетентные клетки, но процедура очень проста. Для генной пушки вам нужно покрыть шарики ДНК, что тоже очень просто.

Обслуживание. Электропоратор вообще не нуждается в обслуживании, в то время как за пистолетом может потребоваться некоторый уход в долгосрочной перспективе, поскольку он имеет насосы и камеры под давлением, эти вещи обычно требуют некоторого внимания, но ничего особенного.

Некоторые ссылки:

bio-rad.com/LifeScience/pdf/Bulletin_9541.pdf

bio-rad.com/webroot/web/pdf/lsr/literature/4006174B.pdf

bio-rad.com/webroot/web/pdf/lsr/literature/4006217A.pdf

Цена

Просматривая покупки в Google и посещая несколько веб-сайтов, кажется, что электропорация стоит 3000-8000 долларов в зависимости от того, какие функции вы хотите. С другой стороны, генные пушки намного дороже. Самая распространенная генная пушка, модель Helios от Bio-Rad, стоит около 17000 долларов, включая все необходимые детали. Как видите, генная пушка может быть дороже.

Кроме того, для генной пушки нужны пули, которые представляют собой микробусины (или микроносители, как их называет Bio-Rad), и стоят они около 600 долларов. Каждая кювета для электропорации стоит 90 долларов. Однако их можно очистить и использовать повторно.

Целевой организм

Согласно Википедии, генные пушки используются в основном для трансформации тканей растений, но также используются и для тканей животных. Согласно Bio-Rad , он хорош в основном для растительных и животных систем, но может использоваться для водорослей, бактерий и т. д.

Электропорация, кажется, используется больше для бактерий. Они также использовали его для дрожжей. Он также использовался для тканей животных, но это не самый подходящий организм-мишень. Кажется, это лучше для систем in vitro, поскольку для большинства систем электропорации требуется трансфекция тканей или клеток в кювете.

Эффективность

Для генных пушек эффективность зависит от окружающей среды и типа используемых клеток. Эффективность трансфекции различается для разных типов клеток. Я не могу найти много оценок эффективности генных пушек. Но некоторые из них составляют 10-20% ДНК. Считается, что электропорация имеет очень высокую эффективность. Согласно Википедии:

Обычная подготовка компетентных клеток может дать эффективность трансформации в диапазоне от 106 до 108 КОЕ/мкг ДНК. Однако существуют протоколы химического метода для получения суперкомпетентных клеток, которые могут обеспечить эффективность трансформации более 1 x 109. [6] Метод электропорации в целом имеет более высокую эффективность трансформации, чем химические методы с возможной концентрацией ДНК более 1 x 1010 КОЕ/мкг, и позволяет трансформировать большие плазмиды размером 200 т.п.о.

Простота использования

Оба очень просты в использовании. Они требуют только нажатия нескольких кнопок. Однако, если вы хотите узнать, как использовать, вам следует прочитать руководства и протоколы. Руководство по системе генетической пушки Helios доступно здесь . Руководство по эксплуатации системы электропорации MicroPulser также от Bio-Radd .

Обслуживание

Обслуживание генной пушки довольно простое. Например, портативный генный пистолет Bio-Rad имеет простое обслуживание (отсюда ) :

Усовершенствованный модифицированный ствол неприхотлив в обслуживании. Его можно легко очистить, используя 70% этанол. Наконечник ствола содержит круглую нейлоновую сетку, которую следует регулярно заменять для сохранения оптимальной производительности. Чтобы заменить сетку, просто отвинтите наконечник, удалите использованную сетку и вставьте новую поверх уплотнительного кольца. Как только наконечник ввинчивается на место, ручной генный пистолет готов к работе.

Электропорация также почти не требует обслуживания.