Генетическое разнообразие человека в Африке по сравнению с остальным миром

Вот дерево, основанное на вариациях митохондриальной ДНК в человеческих популяциях.

ван Овен М., Кайзер М. Хум Мутат. 2009 февраль; 30 (2): E386-94. Обновленное всеобъемлющее филогенетическое дерево глобальной вариации митохондриальной ДНК человека.

Глядя на генетическое расстояние между популяциями через митохондриальную ДНК, все неафриканцы произошли от основателя в одной группе мтДНК (L3). Все остальные группы L — это африканские популяции: L0 — народ сан, L1 — пигмеи мбенга, L5 — пигмеи мбути, а остальные — другие африканские группы.

Если считать, что каждая гаплогруппа L представляет собой генетическую вариацию, то 5/6 (83%) генетической вариации человека происходят из африканских популяций.

Из другого источника, взглянувшего на генетику по-другому . Карта вариаций генома человека из секвенирования в масштабе популяции. Природа. 28 октября 2010 г .; 467 (7319): 1061–1073

Популяции африканского происхождения внесли наибольшее количество вариантов и содержали наибольшую долю новых вариантов, что отражает большее разнообразие африканских популяций. Например, 63% новых SNP в проекте с низким охватом и 76% в проекте экзона были обнаружены в африканских популяциях по сравнению с 20% и 33% в популяциях европейского происхождения для проектов экзона и низкого охвата соответственно.

Я нашел две статьи, в которых содержится некоторая информация по этому вопросу, но нет окончательного ответа.

Консорциум проекта «1000 геномов» (2015 г.) проанализировал целые геномы и обнаружил, что «28% новых вариантов» были обнаружены у африканцев. Новые варианты представляли собой в основном (> 99,9%) однонуклеотидные полиморфизмы или короткие вставки. Эта таблица содержит полный список всех вариантов . Однако 26% геномов принадлежали африканцам, в то время как африканцы составляют ~ 16% населения мира, поэтому эти цифры нельзя экстраполировать на весь мир. Еще одна проблема заключается в том, что образцы не были взяты у территориально разбросанных людей (рис. 1).

Рисунок 1. Доля генетических вариаций, общих для разных популяций.

Доказательства большего генетического разнообразия африканцев представлены Stephens et al (2001) , хотя они рассматривают североамериканцев из разных этнических групп, что не идеально. Они обнаружили гораздо больше уникальных SNP у афроамериканцев, чем у других этнических групп.

Рис. 2. SNP у американцев разных этнических групп. Коды населения: AF, афроамериканец; А.С., азиат; ЦА, кавказец; и HL, испано-латиноамериканец.

Мне не удалось найти в литературе утверждения о том, что большая часть генетических вариаций человека существует в Африке, хотя Африка характеризуется высоким генетическим разнообразием, например, здесь . Я уверен, что слышал это утверждение за пределами Stackexchange.

Мой обзор литературы определенно не является исчерпывающим, поэтому, если кто-то найдет что-то еще, не стесняйтесь добавлять его.

Два новых исследования, результат проекта генома человека, изучили генетическое разнообразие более 1000 человек из 51 группы населения по всему миру.6, 7 Как и в предыдущих исследованиях, народы Африки были наиболее генетически разнообразны. Однако эти исследования также определили, что выходцы с Ближнего Востока были вторыми по генетическому разнообразию. трудно интерпретировать

http://www.godandscience.org/apologetics/humans_out_of_africa.html

Я думаю, это означает, что Африка содержит 150 000-500 тысяч лет человеческого наследия в широкой базе населения, тогда как база для остального мира уже... так же, как если бы у вас было 10 цветов кошек в одном вольере, и только Кошки 3-х окрасов переехали в парк через дорогу и там размножались.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4067985/

В соответствии с моделью происхождения современного человека «из Африки», анализ генетических данных показывает, что африканцы имеют более высокий уровень генетического разнообразия, чем неафриканцы (Cann et al., 1987, 2002; Tishkoff et al., 1998; Marth et al. 2004).