Дисперсия Fst в модели бесконечного острова

Самый известный результат исследования структурированных популяций принадлежит Сьюэллу Райту. Он показал, что в островной модели, где каждая субпопуляция имеет размер Н и скорость миграции м , то попарно Ф С Т является

Ф С Т знак равно 1 4 Н м + 1

Это уравнение дает ожидаемое Ф С Т . Поскольку популяции конечны по размеру ( Н ), генетический дрейф приводит к изменению этого значения.

В чем разница в Ф С Т в модели бесконечного острова?

использованная литература

Эволюция менделевской популяции - это оригинальная статья, в которой этот результат был получен от Сьюэлла Райта.

Косвенные показатели потока и миграции генов: FST≠ 1 4 Н м + 1 является влиятельной газетой в этой области.

ПОТОК ГЕНОВ В ПРИРОДНЫХ ПОПУЛЯЦИЯХ также является известным обзором.

Не могли бы вы опубликовать ссылку или две, в которых получено это уравнение?
@tel Смотрите мое редактирование. Заметьте также, что я сократил формулу Fst, сделав стандартное предположение, что м >> мю (, куда мю это скорость мутации) просто чтобы упростить задачу. Спасибо
Скажем, @Remi.b, если бы у меня было две популяции, и для каждой популяции я знал бы генотипы каждой особи (например, Aa, AA, aa и т. д.), но для нескольких локусов (например, AABb) знаете ли вы какие-либо простые способы расчет потока генов между этими двумя популяциями? Раньше я использовал несколько пакетов R, но они были немного неудобными. Если вы можете порекомендовать мне пакет R/Python и/или разбивку по математике, я был бы очень признателен.
@hello_there_andy Приятно снова тебя слышать. Вы должны сделать новый пост для вашего вопроса. Я не совсем знаю ответ прямо сейчас.

Ответы (1)

Из Левонтина и Кракауэра, 1973 г., отношение

Ф С Т ( д − 1 ) Ф ¯ С Т

приблизительно следует х 2 распределение степени к знак равно д − 1 . Здесь д - количество демов (количество островов), Ф С Т является случайной величиной х 2 распространение и Ф ¯ С Т средний Ф С Т то есть Ф ¯ С Т знак равно ∑ Ф С Т н , куда н это количество Ф С Т ценности.

Дисперсия х 2 распределение 2 к , следовательно

в а р ( Ф С Т ( д − 1 ) Ф ¯ С Т ) знак равно 2 д − 2

Принимая д − 1 Ф ¯ С Т вне соотношения, дисперсия Ф С Т становится

в а р ( Ф С Т ) знак равно ( д − 1 Ф ¯ С Т ) 2 ( 2 д − 2 )

, что упрощается в

в а р ( Ф С Т ) знак равно 2 ( д − 1 ) 3 Ф ¯ С Т 2

Приведенное выше выражение, вероятно, является наиболее интересным результатом, но можно пойти дальше и выразить дисперсию независимо от среднего (заменив Ф ¯ С Т по Слаткину 1991 ожидание Ф ¯ С Т на конечном острове. Это уступает

в а р ( Ф С Т ) знак равно 2 ( д − 1 ) 3 ( 1 1 + 4 Н м ( д д − 1 ) 2 ) 2

, что снова «упрощается» до

в а р ( Ф С Т ) знак равно 2 ( 4 д 2 м Н + д 2 − 2 д + 1 ) 2 д − 1

Дисперсия Fst в модели бесконечного острова
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v