Имеют ли тРНК, распознающие несколько кодонов, какое-либо предпочтение друг перед другом?

Существует обширная литература по синонимичным кодонам и их использованию в разных организмах. Я предполагаю, что вопрос касается соотношения между силой кодон-антикодонового взаимодействия и эффективностью (в данном случае скоростью) трансляции.

• Не оспаривается (мне известно несколько экспериментов по этому поводу), что сила взаимодействия кодон-антикодон зависит от количества образующихся водородных связей.
• Было предсказано, что для оптимальной скорости трансляции необходим баланс между ассоциацией и диссоциацией пары кодон-антикодон. Следовательно, слабые взаимодействия (все AU) — которые препятствовали бы ассоциации — или сильные взаимодействия (все GC) — которые препятствовали бы диссоциации — не обеспечивали такой высокой скорости синтеза белка, как при промежуточных взаимодействиях (смешанный AU, GC).
• Это подтверждается моделями использования кодонов быстрорастущими организмами, такими как Escherichia coli , что впоследствии было подтверждено более обширными исследованиями . Чтобы быть точным, белки с более высокой экспрессией (например, рибосомные белки) кодировались мРНК, содержащими промежуточные взаимодействия кодон-антикодон, которые, как предсказано, обеспечивают быструю трансляцию. Напротив, плохо экспрессируемые белки (например, репрессоры) кодировались моими мРНК, которые, по прогнозам, вызывали более медленную трансляцию.
• Однако следует знать, что существуют и другие факторы, влияющие на использование кодонов в разных организмах, и что они могут перевешивать эффект силы взаимодействия кодон-антикодон.