Как долго можно хранить извлеченную РНК?

Если я извлеку РНК из образца (ткани листа) с помощью одностадийной экстракции фенолом:хлороформом, как долго эти образцы можно хранить при температуре -80°C? И сколько раз я могу разморозить и снова заморозить их, прежде чем они испортятся?

Я предполагаю, что это будет сильно зависеть от очистки образца, чистая РНК (например, без Mg2+) может храниться в течение очень долгого времени при более низких температурах. Чистая РНК в воде может быть стабильной в течение нескольких месяцев при температуре 4°C. Как я наблюдал, замораживание и оттаивание РНК может влиять на сворачивание (для РНК с важной третичной структурой).
Если вы беспокоитесь о циклическом замораживании/оттаивании, разделите их на несколько пробирок — таким образом вы оттаиваете только то, что вам нужно.

Ответы (3)

Я обнаружил, что РНК, выделенная с помощью коммерческих наборов, остается стабильной в течение многих лет при -80°С. Однако я, безусловно, разделил бы ее на аликвоты перед замораживанием, поскольку РНК особенно чувствительна к расщеплению при замораживании-оттаивании.

На самом деле мы проверили деградацию экстрактов вирусной РНК, и они по большей части сохраняются более года при -80. Однако мы увидели большее изменение стабильности, связанное с последовательностью, чем мы ожидали.
Вот интересно - как вы мерили деградацию? Я предполагаю, что деградация, которая могла бы оказать существенное влияние, например, на RNASeq, не проявилась бы на геле.

Мы можем хранить выделенную РНК при температуре -80°C в течение нескольких недель, но перед началом каких-либо экспериментов ее необходимо проверить с помощью гель-электрофореза.

Я храню свою РНК в 1 мМ цитрате натрия, рН 6,4. Цитрат является хелатором и помогает улавливать двухвалентные металлы, необходимые для работы многих РНКаз. Более низкий рН также помогает ингибировать активность РНКазы. ЭДТА может работать как хелатор, но она хорошо хелатирует только при pH, когда активность РНКазы хуже. Цитрат обеспечивает как хелатирование, так и низкий уровень pH.

Конечно, я также держу свою РНК на уровне -80.

Нужно ли вам делать что-то особенное, чтобы удалить цитрат, когда придет время использовать РНК, например, для создания кДНК?
Я никогда не замечал никаких проблем, но я никогда не проверял. Я работаю с РНК всего пару месяцев, а моя лаборатория находится в старом здании с большим количеством пыли, поэтому загрязнение РНКазой было более серьезной проблемой, чем активность ферментов. Преципитации изопропанолом должно быть достаточно, чтобы очистить РНК перед любой реакцией, если цитрат окажется проблемой.
Мы тоже в старом пыльном здании, и РНКаза для нас тоже проблема. Спасибо за совет - я проверю, работает ли он для целей RNAseq.
Как долго можно хранить извлеченную РНК?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v