Можно ли выделить РНК из ткани, взвешенной в формалине?

Формальдегид образует аддукты с РНК и также может сделать ее более восприимчивой к деградации. Это также может вызвать образование поперечных связей между РНК и белками (или, возможно, другими РНК). По всем этим причинам экстракция высококачественной РНК из образцов, фиксированных формальдегидом, очень сложна, а выходы низки ( Howat and Wilson, 2014 ).

Взгляните на эту статью Evers et al. (2011) , в котором исследуются оптимальные условия для удаления аддуктов формальдегида. Однако это исследование не включает фактическую экстракцию РНК из фиксированных тканей, что было бы еще более сложным.

Утверждается, что набор RNeasy FFPE Kit от Qiagen специально разработан для выделения РНК из образцов, фиксированных формальдегидом. В описании продукта сказано, что буфер для лизиса содержит вещества, которые обращают вспять модификации, образовавшиеся из-за формальдегида. Есть аналогичный комплект от Thermo-Fisher . Рассел и др. (2013) сообщают, что выход РНК был одинаковым для фиксированных (с использованием набора Qiagen RNeasy FFPE) и нефиксированных образцов (с использованием мини-набора для выделения общей РНК Qiagen RNeasy Plus).

Должен ли я гомогенизировать ткань перед удалением формалина или после?

Гомогенизируют после удаления формалина. Поскольку ткани уже хрупкие из-за фиксации формальдегидом, вам не нужно использовать жесткие процедуры гомогенизации. Пипетка осторожно. Вы можете использовать протеиназу-К и ДНКазу для удаления белков и ДНК соответственно (набор RNeasy включает эти шаги).

Для будущих экспериментов вы можете хранить ткани в растворе РНК позже ( Thermo-Fisher или аналогичных препаратах от других поставщиков/лаборатории). Храните одну часть ткани в формальдегиде для IHC/ISH, а другую – в РНК позже для выделения РНК/ДНК.