Я пишу программу, которая включает вычисление главного момента инерции для белкового остатка на основе координат атома его компонента XYZ. Я очень запутался в том, какие формулы использовать для расчета главного момента инерции для моей ситуации.
Пока моя программа делает следующее:
Формулы, которые я первоначально использовал для расчета элементов на шаге 1, были взяты из стр. 5 настоящего документа . Однако, глядя на Википедию , формулы для симметричных матричных элементов разные.
Я также порылся в Интернете и нашел открытый исходный код, в котором центр масс вычитается из координат x, y и z перед началом расчета элементов Ixx, Iyy, Izz и т. д.
Какие формулы/алгоритмы я использую для расчета главного момента инерции для моего случая? Я не уверен, с чего начать, выбирая, какие формулы использовать. Есть ли источник, доступный для тех, у кого слабый физический фон, который поможет мне понять, какую формулу/алгоритм использовать для расчета главного момента инерции?
Формулы из документа НАСА и Википедии просто находятся в разных системах координат: формулы в Википедии предполагают систему координат, оси которой проходят через центр масс, тогда как в документе НАСА предполагается произвольная декартова система координат.
Пусть заглавные X i , Y i и Z i обозначают координаты i-го атома в произвольной декартовой системе координат O, а x i , y i и z i обозначают соответствующие координаты в системе O com , переведенные в центр масс молекулы .
Координаты центра масс молекулы в системе О:
Преобразование из O в O com — это просто перевод с помощью [-X com , -Y com , -Z com ]:
Теперь возьмем, например, формулу для I xx в кадре O:
(Обратите внимание, что сумма двух членов в скобках — это просто евклидово расстояние между i-м атомом и осью x, как и следовало ожидать.)
Подставляя формулы для y i и z i выше, мы имеем
что в точности соответствует формуле I xx в документе НАСА. Аналогично для остальных формул.
Интересно, что сумма двух последних слагаемых в итоговой формуле — это именно то, что можно было бы ожидать от теоремы о параллельных осях .
Вывод состоит в том, что вы должны использовать любые формулы, соответствующие вашей системе координат. Если центр вашей системы координат совпадает с центром масс молекулы, то можно воспользоваться более простыми формулами из Википедии. В противном случае вам следует использовать данные из документа НАСА.
Gbean
Адам Зальцман