Почему сложнее секвенировать геномы растений, чем геномы животных?

Растения кажутся менее сложными организмами, чем животные, но, несмотря на это, секвенировано меньше геномов растений. Это потому, что геномы растений более сложны, например, с точки зрения регуляторных областей и транспозонов, которые затрудняют секвенирование, или есть другие причины, по которым количество секвенированных геномов растений меньше, чем у животных?

Я отредактировал вопрос, чтобы улучшить ясность. Если текущий вопрос больше не отражает ваш первоначальный вопрос, не стесняйтесь откатиться назад.
Я знаю, что геномы, как правило, намного больше и часто имеют гораздо больше копий генома, чем клетки животных.
Есть несколько проблем. Один из них уже упоминался — это полиплоидия, другой — тот факт, что растительные клетки имеют клеточные стенки, и может быть сложно извлечь ДНК, не слишком сильно фрагментируя ее. Кроме того, некоторые растения имеют довольно много повторяющихся последовательностей, что затрудняет их сборку. Но, как и в случае с любым другим организмом, это также зависит от растения, сорта, технических возможностей и многого другого.

Ответы (1)

Авторы этой обзорной статьи 2012 года хорошо резюмируют проблему во введении:

В отличие от огромного прогресса в производительности, сборка ридов секвенирования остается существенной задачей, намного большей, чем можно было бы предположить только с помощью секвенирования [22-24]. Большие сложные геномы растений остаются особенно сложной задачей для сборки de novo по целому ряду биологических, вычислительных и биомолекулярных причин. Геномы растений могут быть почти в 100 раз больше [25], чем секвенированные в настоящее время геномы птиц [26], рыб [27] или млекопитающих [28]. Кроме того, они могут иметь гораздо более высокую плоидность, которая, по оценкам, встречается у 80% всех видов растений [29], и более высокие показатели гетерозиготности и повторов [30], чем их аналоги в других царствах. Более того, состав генов у растений может быть очень сложным. как показано наличием больших семейств генов и многочисленных псевдогенов с почти идентичными последовательностями, полученными в результате недавних событий дупликации всего генома и активности транспозонов [13]. Растения, как правило, имеют высококопийные хлоропласты и митохондриальные органеллы, которые усложняют сборку их остатков в ядерном геноме и искажают уровни охвата [12]. Наконец, часто бывает очень трудно выделить большое количество высококачественной ДНК из растительного материала, что затрудняет подготовку надлежащих библиотек для секвенирования.

От: Шац, Витковски и Маккомби. « Текущие проблемы в секвенировании и сборке генома растений de novo ». Биология генома (2012). 13 :243

Как видите, все ключевые причины были затронуты различными людьми, которые прокомментировали ваш вопрос.

Почему сложнее секвенировать геномы растений, чем геномы животных?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v