Какие шифры использовал Исаак Ньютон?

Ньютон использовал анаграммы, которые не являются обычными шифрами. Он не предназначен для тайного общения, а только для того, чтобы впоследствии доказать, что вы что-то знали. Таким образом, предполагается, что никто не сможет расшифровать сообщение, пока вы не скажете, что это было за сообщение.

Для этого он использовал простую процедуру: писал предложение (на латыни), а затем просто считал в нем буквы. А анаграмма состояла из списка букв и того, сколько раз каждая буква встречается в сообщении.

Пример такой анаграммы приведен на Math Overflow:

https://mathoverflow.net/questions/140327/arnold-on-newtons-anagram

вместе с его расшифровкой, согласно более поздним утверждениям Ньютона. Сообщение обычно отправляли какому-либо третьему лицу (Ольденбургу, секретарю Королевского общества в случае Ньютона), которое затем пересылало копию адресату (Лейбницу).

Открытия, которые Ньютон хотел закрепить таким образом, были, по сути, «исчислением», точнее, степенными рядами. В двух разных письмах к Лейбницу через Ольденбург было два закодированных сообщения. Точные сообщения можно посмотреть в МО (ссылка выше).

Подобные методы широко применялись для обеспечения приоритета в 17 и 18 веках. В последний раз, насколько я знаю, это было в 1918 году, когда Гастон Джулия отправлял запечатанные (не закодированные) сообщения в Академию наук, и эти сообщения должны были быть публично открыты и прочитаны позже по его просьбе, чтобы доказать его приоритет. В то время эта практика уже устарела, и Юлию критиковали за ее использование. Однако он смог доказать свой приоритет, и ему был присужден Гран-при Академии (за то, что сейчас известно как «Голоморфная динамика»).

http://www.springer.com/mathematics/history+of+mathematics/book/978-3-642-17853-5