Какие существуют типы спиралей во вторичных структурах белка и чем они отличаются?

Эта страница DSSP дает понять, что:

Спираль-3 = 3-10 спираль

Спираль-5 = π-спираль

α -спираль описана в каждом учебнике по биохимии и широко представлена ​​в Интернете. Он имеет 3,6 остатка на спиральный виток и имеет 13 атомов в кольце, образованном водородной связью, поэтому его также можно назвать спиралью 3,6-13.

Спираль 3-10 встречается реже, чем α-спираль, но все же широко распространена. По аналогии с альтернативной номенклатурой, только что описанной для α-спирали, она имеет 3 остатка на спиральный виток в кольце из 10 атомов.

π -спираль встречается еще реже. Это более широкая спираль с 4,6 остатками на виток.

Сравнение этих трех можно найти в этой статье proteopedia , из которой я взял иллюстрацию ниже.

Существует также тройная спираль коллагена , но она специфична для коллагена, тогда как другие являются общими примерами вторичной структуры, встречающейся во многих белках.

Стандартная номенклатура

В этой области молекулярной биологии не существует такого понятия, как «полное научное название». Имена, как правило, стандартизируются по неофициальному соглашению, когда двусмысленность становится проблемой. Спирали, отличные от α-спирали, не очень хорошо известны, но термины 3-10-спираль и π-спираль, безусловно, более распространены, чем спираль-3 и спираль-5, что, я подозреваю, могло быть для удобства вычислений. Однако поиск в Интернете показывает, что для научных журналов обычно предпочтительнее 3-10-спираль, чем 3-10-спираль или 3(10)-спираль, последние, возможно, отражают работу в текстовой среде или ограничения писателей в обработке текстов или HTML _. .