Какая доля белков требует фолдинга с помощью шаперонов?

Я новичок в области биохимии (на самом деле я химик).

Мне давно известен процесс фолдинга как процесс, приводящий к минимальной энергетической конформации белка.

Теперь меня знакомят с сопровождающими, которых я раньше не знал.

Что мне интересно, так это то, что мой прежний взгляд на сворачивание как на процесс «самосборки» (белок сворачивается без внешней помощи, так как он собирается рибосомой) реален, или любой процесс фолдинга сопровождается шаперонами?

Если оба процесса существуют, как часто происходит складывание «вспомогательной» формы по сравнению со спонтанным процессом?

Я отредактировал ваш заголовок, убрав слово «частый», поскольку то, что вы задаете, не является временным вопросом (сколько белков в минуту сворачивается с шаперонами), а вопросом пропорции или описания (все ли белки просто несколько сворачиваются в этом способ). Верните или измените, если вам не нравятся мои изменения.

Ответы (1)

Мне вспоминается прекрасный обзор в Trends in Biochemical Sciences , в котором обсуждаются независимые от шаперонов, частично зависимые и полностью зависимые белки прокариот. Был сделан вывод, что более мелкие полипептиды с меньшей вероятностью нуждаются в помощи шаперонов. Это их фигура:

введите описание изображения здесь

Этот принцип все еще в определенной степени сохраняется (у прокариот), но теперь более широко понимается , что помощь в укладке включает гораздо больше, чем просто специфические белки, идентифицированные как молекулярные шапероны. Постулат Анфинсена (о том, что окончательная третичная структура белка зависит только от его первичной структуры) все еще может быть верен для небольших глобулярных белков, но сворачивание in vivo почти всегда происходит с помощью. Поскольку вы исходите из точки зрения химика, не думайте об этом как о реакции между двумя молекулами в растворе. Это реакция в геле, наполненном сложными сахарами, липидами, белками и нуклеиновыми кислотами.

Если вы скептически относитесь к перспективе переполненной цитоплазмы, прочитайте обзор, на который я дал ссылку. Это важный, но часто недооцениваемый аспект биохимии in vivo. Об этом можно еще много прочитать. Вы можете попробовать найти информацию об Аллене Минтоне (AP Minton) и макромолекулярном скоплении в вашей любимой базе данных.

Я бы проголосовал за ваш ответ, но за последние два предложения. Если цитоплазма представляет собой «гель, полностью заполненный вещами», как тРНК, факторы синтеза белка и т. Д. Диффундируют к рибосомам, а высвобожденные белки распределяются в цитоплазме. И какое конкретно это имеет отношение к сворачиванию белка? Это серьезный, а не риторический вопрос.
@ Дэвид, ты читал серьезную, а не риторическую статью, на которую я ссылался?
@ Дэвид при повторном прочтении, я, возможно, сформулировал это немного сильнее, чем должен был, чтобы подчеркнуть разницу между разбавленной биохимией in vitro и гелеобразной фазой, где биохимия белка (включая фолдинг) происходит in vivo. Я полностью убрал это слово и добавил к нему комментарий.
— Я проверю вашу ссылку. Я путешествую по другой стране, где с меня берут 7 фунтов стерлингов за Мб данных, поэтому я завишу от довольно нестабильного приема Wi-Fi.
Хорошо, я просмотрел как обзор TIBS, так и обзор Int J Mol Sci 2012 года. Я вижу, что последний указывает на то, что результаты in vitro не всегда подтверждаются результатами in vitro (например, с мутантами в шаперонах), и авторы предполагают, что (неспецифические?) взаимодействия с другими молекулами могут быть важны. Это все, что я вижу, что относится к вашему «гельному» замечанию, которое, как я теперь вижу, вы разъяснили в своем ответе. Общее впечатление, которое у меня сложилось, состоит в том, что трудно ответить с какой-либо точностью на поставленный вопрос, хотя вспомогательное складывание, безусловно, существует.
@ Дэвид, они рассматривают множество доказательств важности других макромолекул для помощи при складывании. Вы кажетесь неубежденным :) Прочтите несколько работ Аллена Минтона.
Я не сомневаюсь в роли других молекул в складывании. Просто мне из обзора кажется, что поле все еще в движении. Это не критика, просто впечатление.
Какая доля белков требует фолдинга с помощью шаперонов?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v