В файлах KGML типами отношений между генами или белками являются именно активация, ингибирование, экспрессия, репрессия, косвенное воздействие, изменение состояния, связывание/ассоциация, диссоциация, фосфорилирование, дефосфорилирование, гликозилирование, убиквитинирование и метилирование. Я хочу узнать больше об этих взаимодействиях. Есть ли конкретный источник, из которого я мог бы понять, что означают эти взаимодействия в глубине?
Большинство из них говорят сами за себя. Пути KEGG часто неясны, так как многие конкретные биологические особенности некоторых белков еще должны быть исследованы должным образом - иногда вы знаете только то, что два белка связаны, а не то, что они на самом деле делают.
Взаимосвязь между ними легче предсказать, когда вы знаете функцию одного из них, например, белок, взаимодействующий с киназой, вероятно, фосфорилируется указанной киназой. Многие из этих взаимосвязей коррелируют с посттрансляционными модификациями (гликозилирование, фосфорилирование, убиквитинирование, ацетилирование, метилирование и т. д.), производимыми одним белком другим. В Википедии на самом деле есть достойный обзор с множеством примеров.
Несколько других взаимосвязей имеют отношение к регуляции активности или экспрессии белков . Это несколько идет рука об руку с тем, что я сказал выше. Некоторые белки активируются только после фосфорилирования или деметилирования и т. д. Другие ферменты могут удалять фосфогруппы, что приводит к репрессии. Другие могут взаимодействовать непосредственно с белком, препятствуя связыванию его субстрата или мишени. Возможно, связывание вызывает конформационное изменение в одном белке, которое позволяет ему связываться со своим субстратом, когда это невозможно в обычном режиме. Некоторые белки действуют как факторы транскрипции, которые активируют или подавляют экспрессию определенных генов, косвенно влияя на уровень белка.
Есть всевозможные возможности — файлы KGML пытаются представить их таким образом, чтобы, по крайней мере, дать некоторое представление о том, как взаимодействие между двумя белками может повлиять на каждый из них. Я надеюсь, что это дает некоторое представление.