Для целей компьютерного моделирования я ищу некоторые количественные измерения влияния температуры на динамику биохимических реакций.
Вопрос
В частности, мой вопрос:
Как температура влияет на скорость связывания белка с ДНК-связывающим мотивом?
НЕ ищу..
Я не ищу теоретического объяснения того, как температура влияет на этот процесс (у меня есть общее представление о важности энергии активации, отображаемой в распределении Максвелла-Больцмана и уравнении Михаэлиса-Ментен).
Я ищу..
Я ищу функцию (в конечном итоге выражающую константу Михаэлиса-ментена как функцию температуры), которую я могу подключить к своим алгоритмам, чтобы учесть влияние различных температур на процесс, который я хочу смоделировать. Я хочу смоделировать среднюю сеть генов из среднего стандартного эукариота. Для других целей я выбрал значения параметров, поступающие от дрожжей. Такой индекс, как тоже было бы очень полезно.
Аналогичный уже отвеченный вопрос
Похожий вопрос (влияние температуры на скорость транскрипции) был задан и дан ответ (автор @rhill45) здесь .
Давайте сначала сделаем ваш второй, вы хотите найти скорость привязки:
Да, вы правы, вам нужно считать на км
Я думаю, что нашел документ, который связывает температуру со скоростью реакции:
статистический подход, называемый методологией поверхности отклика (RSM), используется для прогнозирования кинетических констант глюкозооксидазы (GOx) в зависимости от температуры реакции и pH. Преобразование Лайнуивера-Берка уравнения Михаэлиса-Ментен использовалось как неотъемлемая часть алгоритма RSM. Было оценено влияние переменных, а именно, обратных концентрации субстрата (0,033–0,5 мМ-1), температуры реакции (14,9–40,1 °C) и pH реакции (pH 4,4–8,5) на величину, обратную начальной скорости реакции, и второй порядок полиномиальная модель была аппроксимирована центральной составной описанной конструкцией (CCCD).
Журнал биохимической инженерии, август 2005 г., том 25 (1): 55–62, doi: 10.1016 / j.bej.2005.04.001 Новый подход к определению кинетических констант ферментов с использованием методологии поверхности отклика Исмаил Хакки Бояджи
Для распада
Я все еще работаю над первым, я предлагаю проверить это, но мне нужно поспать, я могу прочитать это завтра
http://www.eastcoastbio.com/productcart/pc/stability_testing.asp
Реми.б