Какой сервер использовать для расчета объема и доступной площади поверхности белков

Я хочу найти доступную площадь поверхности и объем белка, предоставив файл PDB в качестве входных данных для белка. Я использовал два сервера, 3vee и Vadar . Для идентификатора PDB, 1LTM, веб-сайты дают мне различные измерения объема и площади поверхности следующим образом:

3vee (объем: 50951 A^3; площадь поверхности: 10837 A^2)
Vadar (объем: 40937,8 A^3; площадь поверхности: 14680.6 A^2)

Может ли кто-нибудь сказать мне, какой сервер использовать, какой сервер точнее? Если вы знаете какой-либо другой сервер, дающий точные результаты, сообщите мне и об этом.


Примечание: Обе публикации принадлежат Nucleic Acids Research, думаю, мне не нужно их подтверждать. 3vee был опубликован в 2010 году с цитированием 164, а Vadar был опубликован в 2003 году с цитированием 416. Ничего, если я возьму 3vee, так как это новейший инструмент?

Насколько велик белок/комплекс? Можете ли вы загрузить что-нибудь вроде UCSF Chimera или Pymol и самостоятельно вычислить, согласуется ли оно с одним из этих чисел? Вы также можете проверить, что параметры расчета поверхности в обеих программах используют одинаковый радиус зонда. Я бы предположил, что из-за того, что Vadar имеет меньший объем, но большую площадь поверхности, диаметр его зонда меньше.

Ответы (2)

Вы можете использовать серверы PDBSum и PDBe-PISA для расчета доступной площади поверхности и скрытой площади поверхности, а также сервер Castp для поиска карманов в вашей белковой молекуле. Если ваш белок глобулярный, вы можете измерить диаметр в пимолях и рассчитать его объем. Надеюсь, поможет.

можете ли вы добавить некоторые ссылки и / или ссылки, чтобы другие, кто менее знаком с вашим ответом и вопросом, могли следовать? это определенно укрепит ваш ответ

Результаты зависят от атомных радиусов и от радиусов зонда. Без них невозможно составить мнение о величинах объемов и поверхностей.

Используя C = 1,75, N = 1,55, O = 1,4, S = 1,8 и добавив 1,4 для зонда, запустив метод Монте-Карло в интерактивном режиме, доступный в выходных данных ASV для 10000000 случайных точек (были введены только записи ATOM): V = 57335,548996 +/- 1,96*34,439; S = 14887,818374 +/- 1,96*20,345

Вы можете скачать ASV по адресу: http://petitjeanmichel.free.fr/itoweb.petitjean.freeware.html ; Никакой процедуры установки не требуется, просто пометьте двоичный файл как исполняемый с помощью команды chmod. Также поставляются исходные процедуры Monte-Carlo f77.

Ссылки:
M. Petitjean, J. Comput. хим. 1994, 15[5], 507-523;
М. Петижан, Объединения и пересечения сфер и некоторые их приложения в молекулярном моделировании. В: Дистанционная геометрия: теория, методы и приложения, глава 4, стр. 61-83, Springer, 2013.

Какой сервер использовать для расчета объема и доступной площади поверхности белков
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v