Какой ген, подавляющий опухоль, является наиболее надежным для НМРЛ?

Первым ресурсом, на который я бы обратил внимание, была бы публикация TCGA о НМРЛ, которую можно найти по этому адресу.. На первом рисунке показаны наиболее часто мутировавшие гены. TP53 поднимается на первое место как наиболее часто мутирующий ген в изученной когорте, однако в списке также можно увидеть KEAP1, NF1, ARID1A, SMARCA4, RB1 и CDKN2 как обычно измененные опухолевые супрессоры TSG. Вы также захотите принять во внимание данные о количестве копий и данные о мутациях при подсчете частоты в когорте. Еще одна проблема, которую необходимо проверить в наборе данных, — это стадия опухолей в TCGA. Вы упомянули «раннюю стадию» в своем запросе, но если все образцы в TCGA повторяются, это может не подходить для вашего вопроса. Ресурс cBioPortal позволяет вам просматривать данные и манипулировать ими, и я рекомендую вам ознакомиться с этим ресурсом. Это очень хорошо сделано и не должно быть слишком много кривой обучения. Вы сможете ввести TSG и вернуть частоту мутаций. У них также может быть информация об этапе, поэтому можно фильтровать только эти образцы. Есть также несколько ресурсов для анализа текста, которым вы можете задать запросы через pubmed, чтобы получить списки генов или связать списки генов. Одним из инструментов является Glad4U (найдите это имя в Google), который позволяет вам ввести запрос, такой как: «опухолевой супрессор И NSCLC на ранней стадии», и он вернет ранжированный список генов. Рейтинг основан на совместном цитировании. Однако необходимо проверить возвращенный список, чтобы убедиться, что возвращаемые гены являются TSG. Список предполагаемых TSG можно найти Одним из инструментов является Glad4U (найдите это имя в Google), который позволяет вам ввести запрос, такой как: «опухолевой супрессор И NSCLC на ранней стадии», и он вернет ранжированный список генов. Рейтинг основан на совместном цитировании. Однако необходимо проверить возвращенный список, чтобы убедиться, что возвращаемые гены являются TSG. Список предполагаемых TSG можно найти Одним из инструментов является Glad4U (найдите это имя в Google), который позволяет вам ввести запрос, такой как: «опухолевой супрессор И NSCLC на ранней стадии», и он вернет ранжированный список генов. Рейтинг основан на совместном цитировании. Однако необходимо проверить возвращенный список, чтобы убедиться, что возвращаемые гены являются TSG. Список предполагаемых TSG можно найтиздесь . Второй ресурс — CoCiter v2.0. В поиске Gene-Term вы можете ранжировать списки TSG по условиям поиска, и он вернет рейтинг TSG, наиболее связанных с вашим поисковым запросом. Надеюсь это поможет.