Я ищу ген Arabidopsis thaliana, внесенный в RCSB, с четким режимом работы и активным сайтом. Кроме того, он должен иметь явный фенотип при нокауте, например, резкое замедление роста, летальный или близкий к летальному исходу. Ген также должен быть эксклюзивным для растений, чтобы РНК-полимераза не работала. Я нашел эту статью по физиологии растений , но у меня возникли проблемы с поиском генов с очевидным активным сайтом. Большое спасибо
Я могу рассказать вам в целом, как это сделать.
Перейдите к таблице S2 из бумаги и загрузите электронную таблицу. Вы можете искать RCSB для каждого символа гена. Существует 2400 отдельных генов и, вероятно, более 1000 генов-псевдонимов, так что это большой поиск. Вы можете сделать это массово, используя скрипт Python и библиотеку, такую как BioPython, или вы можете ввести каждый символ в поле поиска на RCSB.org и посмотреть, появится ли структура.
Вы можете и должны просмотреть эту таблицу на предмет фенотипов, с которыми, по вашему мнению, вы действительно можете работать. Для многих фенотипов в статье может потребоваться микроскоп или большой опыт работы с арабидопсисом. Например, «дефектный эмбрион; преглобулярный/глобулярный», что это значит? Вы также можете написать авторам за советом, но они могут быть слишком заняты, чтобы ответить вам.
Сокращение поиска таким образом, прежде чем вы это сделаете, было бы очень полезно. Число генов как с доступным фенотипом, так и со структурой, вероятно, будет относительно небольшим списком (50?).
Относительно небольшое количество белковых структур арабидопсиса решено, поэтому вам придется провести моделирование гомологии - сопоставить любые последовательности белковой структуры, которые вы найдете, с последовательностью A. thaliana и решить, где в гене растения будет активный сайт или разрушительная мутация.
Пример: CHY1 (CoA Ester Hydrolase) должен быть решен - при поиске «CoA Ester Hydrolase» в rcsb я нахожу три структуры. человеческая структура 2DQZ имеет много аннотаций, связанных с ней. Этот класс ферментов изучался некоторое время, поэтому, вероятно, был изучен активный центр. Публичный поиск должен указать, где проводилось активное исследование сайта. использование BLAST для выравнивания структур с геном арабидопсиса или со всеми другими гидролазами сложного эфира КоА также было бы важным шагом.
Надеюсь это поможет.