У меня есть набор возрастов микроРНК с соответствующими метками, указывающими, из какой клады они впервые появились. Например, для hsa-mir-1, скажем, это будет возраст Eutheria. У меня есть несколько пиков в распределениях моего возраста. Одна из моих идей заключалась в том, чтобы проверить, соответствуют ли эти пики периодам интенсивной специализации. Например, в кладе Eutheria наблюдалось огромное разнообразие видов по сравнению с другими кладами. Я хотел бы определить это с более вычислительной точки зрения, а не искать в Google каждую кладу.
Я предполагаю (поскольку ваш вопрос нуждается в серьезном редактировании!!) будет MiRdup .
Цели MiRdup:
Проверка предсказаний pre-miRNAs
Прогнозирование зрелой микроРНК
Резюме: МикроРНК (миРНК) представляют собой короткие виды РНК, полученные из шпилькообразующих предшественников микроРНК (пре-миРНК) и действующие как ключевые посттранскрипционные регуляторы. Большинство вычислительных инструментов, помеченных как предсказатели miRNA, на самом деле являются предикторами pre-miRNA и не предоставляют информации о предполагаемом расположении miRNA внутри pre-miRNA. Последовательности и структурные особенности, определяющие расположение miRNA, и степень, в которой эти свойства варьируют от вида к виду, плохо изучены. Мы разработали miRdup, вычислительный предиктор для определения наиболее вероятного местоположения микроРНК в данной пре-миРНК или проверки кандидата микроРНК. MiRdup основан на классификаторе случайного леса, обученном с использованием экспериментально проверенных miRNAs из miRbase, с функциями, которые характеризуют дуплекс miRNA-miRNA*.
WYSIWYG