Плазмидная специфическая деградация ДНК

Меня интересует, есть ли способ деградации плазмидной ДНК внутри клетки E.Coli, чтобы этот метод не наносил вреда хромосомной ДНК. Сначала я думал об эндонуклеазах рестрикции, но боюсь этого;

• он недостаточно специфичен и убивает клетку
• или ничего не делает, потому что E.Coli метилирует и плазмидную ДНК

Моей второй мыслью была система CRISPR/Cas9, но это звучит как чрезмерное усложнение проблемы. Есть более простые идеи? (Например, для конкретных ферментов)

РЕДАКТИРОВАТЬ: основная идея состоит в том, чтобы создать более компетентные клетки E.Coli с направленной эволюцией. В настоящее время это всего лишь мысленный эксперимент, поэтому конкретной плазмидной последовательности нет. Подробно; Я бы трансформировал плазмиду в клетки, затем провел часть селекции с антибиотиком и дал им расти, затем перенес клетки в среду, где нет антибиотика, и добавил бы IPTG, чтобы индуцировать фермент плазмида-ДНК-гидролазу, затем, возможно, другая часть селекции может быть выполнена для удаления клеток, которые все еще содержат плазмиду (например, с помощью FACS, если на плазмиде есть ген GFP), затем снова сделать клетки компетентными с помощью CaCl2 и повторить весь этот процесс снова и снова.