Я пытался найти систематический способ подсчета количества водородных связей для нескольких файлов PDB.
DSSP показывает мне общее количество водородных связей, когда я делаю dssp.exe 1A11.pdb, давая мне общее количество 24(я прав, хорошо?)
24 96.0 TOTAL NUMBER OF HYDROGEN BONDS OF TYPE O(I)-->H-N(J) , SAME NUMBER PER 100 RESIDUES
Но когда я запускаю эту команду в R:
> require(biod3d)
> x=dssp(read.pdb("1A11"), full=T)
у него не похоже количество водородных связей. Это показывает следующее:
> x$hbonds
BP1 BP2 NH-O.1 E1 O-HN.1 E2 NH-O.2 E3 O-HN.2 E4 ChainBP1 ChainBP2 Chain1 Chain2 Chain3 Chain4
1-A NA NA NA 0.0 5 -2.1 NA 0.0 4 -0.3 <NA> <NA> <NA> A <NA> A
2-A NA NA 3 -0.2 6 -1.5 4 -0.2 7 -0.2 <NA> <NA> A A A A
3-A NA NA 4 -0.2 7 -1.8 5 -0.2 2 -0.2 <NA> <NA> A A A A
4-A NA NA 1 -0.3 8 -1.5 6 -0.2 7 -0.6 <NA> <NA> A A A A
5-A NA NA 1 -2.1 9 -1.9 6 -0.2 10 -0.2 <NA> <NA> A A A A
6-A NA NA 2 -1.5 10 -1.3 1 -0.3 5 -0.2 <NA> <NA> A A A A
7-A NA NA 3 -1.8 11 -1.3 4 -0.6 5 -0.2 <NA> <NA> A A A A
8-A NA NA 4 -1.5 12 -1.2 3 -0.2 6 -0.2 <NA> <NA> A A A A
9-A NA NA 5 -1.9 13 -1.1 4 -0.2 7 -0.2 <NA> <NA> A A A A
10-A NA NA 6 -1.3 14 -2.3 5 -0.2 13 -0.4 <NA> <NA> A A A A
11-A NA NA 7 -1.3 15 -1.8 12 -0.2 16 -0.3 <NA> <NA> A A A A
12-A NA NA 8 -1.2 16 -1.8 13 -0.2 11 -0.2 <NA> <NA> A A A A
13-A NA NA 9 -1.1 17 -2.4 10 -0.4 18 -0.5 <NA> <NA> A A A A
14-A NA NA 10 -2.3 18 -1.6 15 -0.2 13 -0.2 <NA> <NA> A A A A
15-A NA NA 11 -1.8 19 -1.8 17 -0.2 20 -0.5 <NA> <NA> A A A A
16-A NA NA 12 -1.8 20 -0.8 17 -0.3 14 -0.2 <NA> <NA> A A A A
17-A NA NA 13 -2.4 21 -1.9 19 -0.2 16 -0.3 <NA> <NA> A A A A
18-A NA NA 14 -1.6 22 -2.0 13 -0.5 21 -1.0 <NA> <NA> A A A A
19-A NA NA 15 -1.8 23 -2.0 20 -0.3 24 -0.3 <NA> <NA> A A A A
20-A NA NA 16 -0.8 24 -1.5 15 -0.5 19 -0.3 <NA> <NA> A A A A
21-A NA NA 17 -1.9 25 -1.0 18 -1.0 19 -0.2 <NA> <NA> A A A A
22-A NA NA 18 -2.0 25 -0.3 23 -0.2 20 -0.2 <NA> <NA> A A A A
23-A NA NA 19 -2.0 22 -0.2 18 -0.3 21 -0.2 <NA> <NA> A A A A
24-A NA NA 20 -1.5 23 -0.2 19 -0.3 22 -0.2 <NA> <NA> A A A A
25-A NA NA 21 -1.0 23 -0.2 22 -0.3 24 -0.2 <NA> <NA> A A A A
Итак, мой вопрос: общее количество водородных связей скрыто где-то в этом выводе или где-то еще (или не существует)?
Если мне удастся подсчитать количество водородных связей в одной PDB с помощью Bio3D и R, я смогу создать цикл и перебрать все оставшиеся файлы PDB.
Спасибо за все!
Число водородных связей на самом деле не может быть определено только с помощью программного обеспечения. Но вы можете попробовать использовать STRIDE ( http://structure.usc.edu/stride/ ), который берет имя файла с флагом -h для вывода количества водородных связей. Затем вы можете написать небольшой сценарий оболочки, который будет передавать каждый файл и хранить нужные данные в любом удобном для вас формате.
Это первоначальное решение, но его можно улучшить:
out = system2("f:/stride/stride.exe", "f:/stride/1a11.pdb -h", stdout=T)
nh = strsplit(out[grepl("HBT", out)], " ")[[1]][2]
print(nh) # Output: 26 (hydrogen bonds)
Я скомпилировал версию Stride для Windows и загрузил сюда: http://lcrserver.icmc.usp.br/~daniel/bin/stride.exe
Даниэль Бонетти