В PDB приведены миллионы белков, последовательность которых мы можем скачать в формате FASTA. Существуют также сотни SNP, приведенные в базе данных NCBI dbSNP. Мой вопрос заключается в том, включают ли белки в PDB SNP в свою структуру? Если нет, есть ли способ визуализировать структуру белка с помощью любого инструмента после SNP на белке? Я знаю, что существуют такие инструменты, как SIFT, но они только говорят, вреден SNP или нет. Они никак не комментируют структуру белка.
Swiss PDB Viewer позволяет вам изменять остатки в существующей структуре и исследовать эффекты.
Я почти уверен, что UCSF Chimera тоже.
Решить трехмерную структуру белка сложно и требует много работы, выполнение этого для каждого общего SNP белка в большинстве случаев было бы чрезмерным. Таким образом, вы обычно не найдете такие структуры, если только структура конкретной мутированной версии не представляет особого интереса.
Во многих случаях структурно неинтересно, что происходит, нет смысла пытаться получить трехмерную структуру, если SNP приводит к сдвигу рамки считывания или раннему стоп-кодону.
Что вы можете сделать, так это просто загрузить структуру PDB белка дикого типа в программу просмотра, такую как PyMol, и посмотреть на аминокислоту, которая изменяется SNP. Прочтите соответствующую статью, чтобы узнать, важен ли этот остаток каким-либо образом. Это не всегда возможно, но если, например, аминокислота находится в каталитическом центре фермента, это объясняет, как SNP влияет на функцию белка.
проверьте страницу последовательности в RCSB PDB, она может отображать SNP в 3D для некоторых белков (вам нужно включить аннотации SNP в раскрывающемся списке)
http://www.rcsb.org/pdb/explore/remediatedSequence.do?params.showJmol=true&structureId=4HHB
шигета
Миторон