Соотношение АТФ к разборке нуклеотидов

ДНК-хеликаза, фермент, который отвечает за разрыв цепей перед репликацией ДНК, требует АТФ для разрыва нуклеотидов. Я задавал этот вопрос нескольким профессорам, и они не смогли дать мне четкого ответа. Мой вопрос: каково соотношение разрыва связи АТФ: нуклеотид? Другими словами, сколько нуклеотидных связей может быть разорвано из одной АТФ с помощью хеликазы.

Эта статья должна вас заинтересовать, хотя она, вероятно, различается в зависимости от геликазы.
Я думаю, что потребность в АТФ также зависит от расположения олигонуклеотидов, которые означают, что они связаны между A и T(u) или G и C, и это можно рассчитать, но как я пока не могу сказать.
Все, что делает геликаза, — это открывает двойную спираль ДНК, разрушая водородные связи между нуклеотидами. Связь в водородных связях является неправильным названием, поскольку это взаимодействие Ван-дер-Ваальса, а не связь между атомами, поэтому нет разрывных связей, для разрыва которых потребовалось бы значительно больше энергии, чем для разрыва Н-связей. С другой стороны, топоизомеразам действительно необходимо катализировать разрывы в фосфатном остове, чтобы снять напряжение от сверхспирализации. Это не означает, что АТФ не расходуется, просто связи не разрываются в процессе, как вы утверждаете.

Ответы (1)

Ответ на этот вопрос, возможно, не так прост, как вы думаете, отчасти потому, что в человеческом теле много разных хеликаз. Существует также некоторая пассивная активность геликазы, не требующая АТФ.

Точно неясно, участвует ли АТФ только в перемещении геликазы или в фактическом раскручивании.

Для хеликазы RecQ в E. coli одно исследование показало, что «определенная тесная механохимическая связь 1,1 ± 0,2 АТФ, потребляемая на пройденный нуклеотид, указывает на механизм типа дюймового червя». Для получения дополнительной информации см. Sarlós et al. (2012) .

В другом исследовании ( Donmez and Patel, 2008 ) отмечается, что «по сравнению с некольцевыми геликазами, такими как PcrA (Dillingham et al, 2000) и UvrD (Tomko et al, 2007), которые перемещаются в среднем на 1 нуклеотид на каждую АТФ гидролизованная кольцеобразная геликаза T7 в три раза экономичнее по топливу». Это показывает, как может быть довольно много вариаций.

Итог - можно по пальцам пересчитать количество нуклеотидов, раскрученных геликазой на одну АТФ.

Соотношение АТФ к разборке нуклеотидов
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v