Первоначальный вопрос касался понимания того, что находится ниже гена в эукариотическом организме. Я понимаю, что эта область расположена на 3' гена, и поэтому я ожидал бы найти некодирующие области, но есть ли разница между некодирующими областями и межгенными областями?
Небольшая предыстория того, что я делаю: я изучаю влияние ретротранспозонов на популяции S. cerevisiae, и я уже определил потенциальное воздействие этих ретротранспозонов, и вот какие последствия:
Upstream gene variant 49
Downstream gene variant 42
Intergenic variant 4
Transcript ablation 3
Coding sequence variant 1
Feature elongation 1
3' UTR variant 1
Так разумно ли говорить, что ниже по течению от гена есть некодирующие гены?
«Межгенный» — это, ну, смущение, хотя его трудно избежать. Межгенный означает, буквально, между генами . Гены, как и следовало ожидать, генетически определены как области хромосомы с определенной генетической ролью. Между генами у нас ну барахло, спам, без смысла и значения, так как иначе это был бы ген. В 1990-х все знали, что большая часть генома представляет собой «мусорную ДНК», и это было довольно просто. И центральная догма заключалась в том, что ДНК производит мРНК, образующую белок, и если не было мРНК, производящей белок, или даже длинного белка, то они предполагали, что гена не существует.
Что ж, проблема с использованием этих терминов в наши дни заключается в том, что, во-первых, очень трудно показать, что какой-то конкретный фрагмент ДНК никогда не играл никакой роли. В конце концов, часто можно удалить целый ген без видимого воздействия на организм, так как же можно убедительно доказать, что некоторая некодирующая последовательность «между генами» бессмысленна и не имеет отношения ни к одному из ее соседей? И, во-вторых, ДНК определенно играет роль, даже если все, что она делает, это производит некодирующую РНК или действует как регуляторная последовательность, которая делает это. Так, например, в OMIM вы можете найти много записей для «intergenic» с такими результатами, как H19 , для которых один термин — «LONG INTERGENIC NOCODING RNA H19». Обратите внимание также, что H19 указан как символ гена, одобренный HGNC, поэтому это межгенный ген.. Хитрый, а? (Я с большим уважением отношусь к OMIM — это не их вина). Кроме того, энхансеры могут находиться довольно далеко от гена, даже за концом другого гена или воздействовать на несколько генов, так что даже если мутация в энхансере может генетически действовать как аллель определенного гена, он может быть описан в терминах последовательности как расположенный в межгенной области .
Итог: межгенные области, о которых вы читаете, будут находиться между вещами, которые признаны генами, и может быть известно или не известно, как они влияют на один или другой (или на оба...). Они не будут содержать CDS, который всегда считается геном, ни 5'UTR или 3'UTR, потому что они транскрибируются до или после CDS. Помимо этого, то, как они отличаются от «восходящей последовательности» и «нисходящей последовательности», может быть совершенно произвольным. Возможно, они отправились на WormBase и вытащили тщательно подобранные записи генов и добавили некоторое количество пар оснований перед стартовым сайтом в качестве промоутера, но я этого не знаю. Вам просто нужно попытаться найти конкретную ссылку для любого инструмента, который вы используете.
Межгенная область является лишь одним из многих типов некодирующих последовательностей.
Другие включают:
Есть много вещей, которые являются частью генов, кроме последовательности, кодирующей белок.
Хороший способ получить представление о том, что помимо областей кодирования существует, — просмотреть онтологию последовательности . Если вы перейдете к кодовой последовательности и начнете просматривать родительские и двоюродные термины, вы найдете огромное количество, включая все, что я упомянул выше, а также межгенную область с определениями, связанными с ухом.
Роджер Вадим
Сильвия ВК