я хочу знать, что, если бы я сделал последовательность кДНК определенного гена в разных растениях - что важно из этой последовательности и можно ли найти разницу между растениями, и могу ли я использовать эту последовательность для определения цис-регуляторного элемента
Нет, кДНК являются копиями сплайсированных мРНК и обычно содержат 5'-UTR (нетранслируемую область), открытую рамку считывания или ORF и 3'-UTR. Цис - регуляторная информация может быть обнаружена путем секвенирования геномной ДНК выше гена(ов). Именно здесь обычно находится промотор (хотя есть и редкие исключения, особенно для генов, транскрибируемых РНК-полимеразой III).
Важность последовательности
Сравнение последовательностей важно, потому что биологи, как правило, используют предварительные знания, чтобы делать выводы о функциях неизвестных объектов.
Определение фланговых последовательностей
Вы можете использовать обход генома , чтобы изолировать фланкирующие области известных последовательностей. Это простой повторяющийся метод. Количество повторов будет зависеть от того, насколько далеко вы хотите продвинуться вверх или вниз по течению от интересующего вас гена.
Во-первых, это последовательность кДНК, кодирующая определенный белок, вы обнаружите различия в кодирующей последовательности между растениями разных видов и внутри одного и того же вида, различия при сравнении генотипов для анализа промотора, вы должны использовать геномную ДНК, по крайней мере, 1 т.п.н. выше ATG или более (могут быть интроны)
Далия Юссеф