Зачем выбирать грамматику из множества грамматик, описывающих структуру белков? [закрыто]

Почему мы выбираем грамматику из множества грамматик, которые могут описать структуру белков? Обычно существует множество (возможно, бесконечное количество) грамматик, описывающих один язык. Почему мы выбираем конкретное? В частности, язык белков генов как раз имеет конечные предложения или слова.

Вы про номенклатуру белков что ли?
@MiguelÁngelNaranjoOrtiz, нет, я говорю об описании структуры белка формальным языком, это исследование, которое пытается предсказать структуру ДНК или РНК
На самом деле при описании трехмерной структуры белка вам нужны только углы, образованные пептидной связью каждой аминокислоты, и аминокислотная последовательность. Такого рода данные можно получить, когда белки разрешаются с помощью рентгеновской дифракции. Это необработанные данные, и они обычно описывают структуру белка с помощью различных номенклатур, таких как организация домена или предсказание вторичной структуры. В этом случае вы описываете участки белка с определенной структурой, часто связанной с его функцией.
@MiguelÁngelNaranjoOrtiz Вам также нужны ориентации боковой цепи для полной структуры. Необработанными данными для рентгеновского излучения является электронная плотность, хотя в ЯМР пространство торсионных углов часто используется для расчета структуры.

Ответы (1)

Я не совсем понял ваш вопрос, но это то, что я думаю, вы хотите знать:

  1. Почему генетический код эволюционировал таким, какой он есть?
  2. Как последовательность белка, кодируемого мРНК, приводит к определенной структуре?

Ответ на первый вопрос не может быть окончательным. В учебнике объясняется, почему существует трехбуквенный код, потому что двухбуквенный код не может описать все 22 аминокислоты со всеми их перестановками. Но тогда возникает другой вопрос: почему только 22 аминокислоты. Я даже не могу предположить ответ на этот вопрос; простые аминокислоты хороши, но для примера, почему лизин, а не аналогичная аминокислота с более короткой боковой цепью - без понятия.

Таким образом, при наличии 22 аминокислот, трехбуквенного кода и 4 нуклеотидов несколько кодонов аминокислоты имеют сходную последовательность (обычно первые два основания сохраняются в соответствии с гипотезой вобуляции. Последнее основание обычно не образует сильной пары оснований ) . с тРНК и имеет минимальное значение).

Ответ на второй вопрос несколько прост. Последовательность может привести к бесконечному количеству структур, но в данной среде (состоящей из растворителя, других растворенных веществ и т. д.) последовательность принимает определенную структуру в соответствии с принципом минимизации свободной энергии. Существует вероятность того, что в данной среде белок может иметь две разные оптимальные структуры и может переключаться между этими двумя структурами.

Хорошо, спасибо за ваш ответ, но я не знаю, почему кто-то проголосовал против моего вопроса.
,спасибо,я знаю,что нет.Честно говоря,я ​​не биолог и не знаком с биоинформацией.
возможно, вы сможете переформулировать свой вопрос, основываясь на комментариях и ответе. даже если на ваш запрос будет дан ответ, это будет лучше для того, кто ищет существующий ответ.
Зачем выбирать грамматику из множества грамматик, описывающих структуру белков? [закрыто]
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v