во многих статьях, которые я читал, упоминались «данные RNA-seq». В поисках значения этого слова я не смог найти ни одного непрофессионального определения.
Насколько я понимаю, данные РНК-секвенирования — это полная информация о РНК в клетке (или во всех клетках) вида, извлеченная в определенное время.
Я прав с этим определением? Если да, значит ли это, что, извлекая всю информацию о РНК, можно узнать все последовательности РНК у этого вида (например, AUGGUCAUCAG....)? Или это означает, что у меня есть РНК, но не последовательность?
Данные секвенирования РНК обычно дают моментальный снимок транскриптома того, что секвенируется. Секвенирование отдельных клеток возможно, но менее распространено, чем секвенирование РНК на образце (содержащем много клеток).
Вы правы в том, что RNA-seq дает знания о последовательностях РНК, таких как AUGGUCAUCAG и так далее. Однако не обязательно иметь информацию обо всех возможных последовательностях РНК определенного вида. Выполнение секвенирования РНК на одном и том же типе клеток вида в два разных момента времени или на двух разных типах клеток в один и тот же момент времени может привести к получению разных профилей для последовательностей РНК, которые вы получите. Это зависит от того, какие части генома экспрессируются клетками в образце во время выделения РНК.
Данные, получаемые в результате секвенирования РНК, зависят от используемой технологии и компании. Как правило, RNA-seq включает в себя использование этапа обратной транскрипции, так что данные о последовательности, которые вы получаете, фактически сообщаются как версия кДНК ваших исходных транскриптов мРНК. Обычно получают (очень большой) файл последовательностей «прочтений». Затем их можно либо «собрать» напрямую, чтобы сформировать моментальный снимок транскриптома, либо сопоставить их с известным эталонным геномом. Одним из основных преимуществ РНК-секвенирования является то, что мы узнаем не только последовательности молекул РНК, но и их относительное содержание в образце. Знание этого может быть особенно полезным при проверке или разработке широкого круга биологических гипотез.
Секвенирование РНК происходит, когда вы выполняете извлечение РНК, а затем секвенируете их, что обычно включает их фрагментацию.
На самом деле вы знаете все последовательности всех секвенируемых молекул РНК. Я не вижу интерпретации, которая не приводит к тому, что у вас есть последовательности молекул, что называется «секвенированием» и все такое.
StackUnderflow