Какие алгоритмы/методы используются для расчета димеров праймеров и шпилек?
Например, инструмент IDT OligoAnalyzer будет генерировать эти анализы для определенных последовательностей.
Анализ гомодимеров кажется мне просто скользящим сканированием двух последовательностей друг относительно друга. Я предполагаю, что это не принимает во внимание возможные проблемы со шпилькой? или такие структуры менее вероятны по сравнению с множеством других более распространенных проблем. Кроме того, как рассчитываются значения ΔG с учетом конкретной модели димеризации?
Важно визуализировать больше лиц для разработки экспериментов с праймерами или олигонуклеотидами и ПЦР:
- рассчитать термодинамические параметры гибридизации ДНК (олиго/шаблон)
вычислить шпильку-петлю, димер, штраф оснований и температуру плавления относительно праймера или пары праймеров
рассчитать статистику о температуре плавления при изменении состава и концентрации ПЦР смеси
с Google вы можете найти больше инструментов, но вы должны выбрать инструмент команды секвенирования. почти все инструменты используют алгоритм mfold, он прост и эффективен:
М. Цукер, Д. Х. Мэтьюз и Д. Х. Тернер. Алгоритмы и термодинамика для предсказания вторичной структуры РНК: Практическое руководство по биохимии и биотехнологии, 11–43, J. Barciszewski and BFC Clark, eds. , Серия NATO ASI, Kluwer Academic Publishers, Дордрехт, Нидерланды, 1999.
Я работал в команде секвенаторов, там был программист. он разработал фантастические инструменты. он немного английский, но он может поддержать вас: http://promix.cribi.unipd.it/cgi-bin/promix/melting/melting_main.exe