Что означают эти новые сайты сплайсинга?

Я уверен, что ответ очевиден для некоторых из вас, но я только что закончил свою стажировку, когда мы обнаружили новые сплайс-соединения (junctionseq; данные RNAseq) (см. прикрепленный файл), и у меня есть некоторые трудности со сплайс-соединениями. Я понимаю, что чтения могут отображаться на стыке двух экзонов (что может быть связано с оценкой качества) и что, сравнивая два состояния, мы можем найти группы экзонов, более «связанные», но я не понимаю:

  • Как новое соединение может быть обнаружено в предыдущем соединении (sub1) или за последним экзоном гена (sub2) и, таким образом, каковы могут быть последствия?sub1 sub2
Я думаю, вы должны объяснить графики немного больше. junctionseq не является стандартным методом (я никогда не слышал о нем раньше), и отображение числа прочтений соединений и экзонов рядом, как это (даже без указания размера или типа каждого элемента), - по крайней мере, для меня - почти сбивает с толку. . Поэтому я пока не могу правильно интерпретировать эти данные (не читая деталей используемых методов, но сейчас это слишком много работы)
Не могли бы вы объяснить диаграммы, как сказал @Nicolai?

Ответы (1)

Соединение сплайсинга образуется из пре-мРНК (или первичного транскрипта) всякий раз, когда интрон удаляется или сплайсируется. Два сегмента РНК, которые раньше были разделены в пре-мРНК, теперь лигированы друг с другом, образуя соединение двух экзонов.

Чтения RNA-Seq, которые охватывают такой сайт соединения сплайсинга, не будут очень хорошо выравниваться с геномной последовательностью, однако, если вы создадите файл всех потенциальных смоделированных соединений сплайсинга, могут быть некоторые чтения RNA-Seq, которые теперь идеально выравниваются.

Различие между тем, что составляет интрон, и тем, что составляет экзон, является чисто эмпирическим. Хотя это правда, что сплайсосомный комплекс предпочтительно распознает и связывается с правильно расположенными донорными и акцепторными сайтами сплайсинга, множество различных процессированных, зрелых транскриптов может происходить из одного первичного транскрипта. Этот дифференциальный анализ цис-действующих последовательностей на границах потенциальных интронов и экзонов называется альтернативным сплайсингом.

Что означают эти новые сайты сплайсинга?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v