Рассмотрение метаболического пути:
http://www.genome.jp/kegg-bin/show_module?M00166
Рассмотрим реакцию R01523 (самая первая реакция). Как можно узнать, что соединение C00199 (D-рибулозо-5-фосфат) превратится в C01182 (D-рибулозо-1,5-бисфосфат)?
Каковы факторы, от которых зависит это преобразование? Я знаю один фактор — структуру, но как структура влияет на это преобразование? Означают ли два соединения с одинаковой структурой, что одно из соединений может трансформироваться в другое?
Из моего ответа по химии :
Посмотрев на веб-сайт, я обнаружил, что реакция основана на ферменте под названием: фосфорибулокиназа .. В биологических системах многие реакции протекают под эгидой ферментов или белков. Это невероятно большие молекулы, состоящие из чрезвычайно длинной цепочки аминокислот, которые представляют собой набор из 26 или около того небольших молекул, которые могут «зацепляться» за цепную структуру белка. Каждая аминокислота имеет разные свойства и, следовательно, испытывает разные силы, притягивающие ее к другим аминокислотам в цепи и от них. Это означает, что вся цепочка складывается в чрезвычайно сложную структуру. Чтобы в белке могла произойти реакция, он имеет небольшую область, за которую может зацепиться реагирующая молекула. Затем есть наборы атомов и молекул, которые действуют как каркасы, которые позволяют атомам в реагирующей молекуле перемещаться без необходимости почти столько же энергии, сколько потребовалось бы без каркаса. Вот как это меняет структуру. Теперь, хотя белок может так же легко позволить полученной молекуле преобразоваться обратно в исходную, это может быть менее энергетически выгодно, что приводит нас к равновесной химии, включающей динамические прямые и обратные реакции. Что делает это более сложным, так это то, что белки часто имеют отдельные «крючки» для молекул, чтобы вывести их из строя. То есть, если вокруг много вещества А, белок будет отключен и больше не будет превращать В в А до тех пор, пока не будет потреблено больше А и, таким образом, не прекратится ингибирование белка. для молекул, чтобы вывести их из строя. То есть, если вокруг много вещества А, белок будет отключен и больше не будет превращать В в А до тех пор, пока не будет потреблено больше А и, таким образом, не прекратится ингибирование белка. для молекул, чтобы вывести их из строя. То есть, если вокруг много вещества А, белок будет отключен и больше не будет превращать В в А до тех пор, пока не будет потреблено больше А и, таким образом, не прекратится ингибирование белка.
пользователь15629