У меня есть книга, в которой говорится:
У человека тайтин представляет собой цепочку из 34 350 аминокислот, но у мышей она еще длиннее и состоит из 35 213 аминокислот.
Если два полипептида имеют разную длину аминокислотной последовательности, как их можно считать одним и тем же белком? Или это потому, что они имеют одну или несколько общих аминокислотных последовательностей — которые, если полипептид содержит, биологи считают его особым типом белка — они оба считаются одним и тем же белком?
Если они выполняют одну и ту же функцию, их можно считать одинаковыми функционально .
Гемоглобин у большинства людей одинаков, вплоть до аминокислотной последовательности; гемоглобин при серповидноклеточной анемии, гемоглобине С, гемоглобине SC, талассемии и других различается по крайней мере одной аминокислотой, но все они являются гемоглобинами и выполняют одну и ту же работу: переносят и выделяют кислород. Инсулин у человека и свиньи не идентичен (инсулин человека отличается от инсулина свиньи одной аминокислотой - Thr вместо Ala - на С-концевом остатке В-цепи - но они оба являются инсулинами, имеют идентичную функцию в каждом животное.
Ясно, что два белка разной длины не идентичны. (Утверждалось ли в книге, что они идентичны? Если да, то это была ошибка.) Если они выполняют одну и ту же функцию, их можно называть одним и тем же именем и считать функционально одним и тем же белком.
Человеческий и мышиный тайтин являются ортологами и могут быть подтверждены с помощью запроса NCBI для TTN .
Ортологичные белки сами по себе не одинаковы . Они сохраняют ту же функцию и в основном являются результатом видообразования: общий предковый ген разделился между двумя видами. Однако последовательность потенциально может отличаться, поскольку очевидно, что виды разошлись.
Гомология между ними может быть подтверждена с помощью вычислений, посредством филогенетического анализа и анализа выравнивания, но я считаю, что соглашение об именах тайтин как для мыши, так и для человека в значительной степени связано с функцией белка в любом организме.
Соглашение об именах и объяснения гомологии хорошо изложены в этом посте Bio.SE.
Арматус