Вопрос о реакции на кишечную палочку

Что касается этой ссылки
http://www.biocyc.org/ECOLI/NEW-IMAGE?type=REACTION&object=RXN-14479
Здесь упоминается фермент и два реагирующих соединения. Теперь мой вопрос:
1. Когда эти два соединения реагируют, они сначала присоединяются к ферменту до реакции?
2. Если оба этих соединения присоединяются к ферменту, как называется такое взаимодействие? Взаимодействие белковых соединений??

Ответы (1)

Насколько я могу судить, энтерохелинэстераза (Fes) использует укладку альфа/бета-гидролазы для катализа своих реакций, что означает наличие триады каталитических боковых цепей аминокислот. Чем Fes отличается от других белков в пути, так это аминоконцевым доменом крышки, который придает специфичность субстратам Fes ( (1) диктует, что это образует глубокий карман в белке). У меня возникли проблемы с поиском точных каталитических аминокислот, но моделирование гомологии между IroE и Fes из одного и того же источника показывает, что это может быть триада Glu, His и Ser. Если мы представим себе, как выглядит механизм каталитической триады, и следующее изображение представляет собой общий каталитический сайт липазы/эстеразы,

введите описание изображения здесь

Между молекулой-мишенью и серином образуется своего рода переходное состояние , где вода вступает в реакцию с помощью asp/glu и гистидина, катализируя гидролиз. Вы бы назвали это взаимодействием белок-лиганд.

Хорошо, теперь я нашел эту статью в википедии: en.wikipedia.org/wiki/Ligand , у нее есть список лигандов... но реакция, которую я предоставил, не содержит списка лигандов, упомянутого в википедии, тогда как это называется взаимодействием белок-лиганд? Это потому, что соединение может содержать группу лиганда, которая связывается с белком, поэтому вы назвали это связыванием лиганда белка?
В биохимии мы бы назвали лигандом все, что образует комплекс с белком. Это включает в себя ингибиторы, субстраты и т. д. Лиганд, который связывается с активным участком белка, является его субстратом , и на следующей странице в Википедии лиганды объясняются с биохимической точки зрения.
Вопрос о реакции на кишечную палочку
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v