Скажем, у меня есть данные об экспрессии всего генома (транскриптом) для образца человеческой ткани. Достаточно ли этих данных для определения континентальной группы происхождения донора?
Если вы можете вызвать геномные варианты из ваших данных, в зависимости от вашего охвата генома, вы сможете составить карту происхождения. Например, если у вас есть чтения секвенирования, вы можете выровнять свои чтения с эталонным геномом, а затем вызвать варианты, используя существующие конвейеры.
Если у вас есть варианты вызовов, вы можете использовать маркеры, информирующие о происхождении , чтобы напрямую определить происхождение вашего образца.
Или вы можете использовать существующее программное обеспечение для сопоставления происхождения вашего образца с другими образцами известного происхождения, используя такие программы, как ADMIXTURE , STRUCTURE , EIGENSOFT , или просто анализ основных компонентов. Для эталонных образцов вы можете использовать общедоступный набор данных, такой как HapMap 3 или Human Genome Diversity Project .
Сашко Лыхенко
leekaiinthesky